这是 bp_process_wormbasep 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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bp_process_wormbase.pl - 将 WormBase GFF 文件按摩到适合
通用基因组浏览器
概要
% bp_process_wormbase.pl ./WS61 > wormbase.gff
商品描述
此脚本处理位于以下位置的 Wormbase GFF 文件
ftp://www.wormbase.org/pub/wormbase/GENE_DUMPS 转换成适合的 GFF 格式版本
由通用基因组浏览器显示。 它主要是在注释中添加注释和
指定某些间隔良好的基因位点作为框架标志。
这个脚本需要 AcePerl 发行版,它在 CPAN 上可用(寻找
“王牌”模块)。
要使用此脚本,请从上面列出的 FTP 站点获取 WormBase GFF 文件并放置
它们在一个目录中。 以当前目录命名目录可能是个好主意
版本,例如 WS61。 您不需要解压缩文件。
然后将该目录作为此脚本的参数并将脚本的输出捕获到
一份文件:
% bp_process_wormbase.pl ./WS61 > wormbase.gff
您可能需要一段时间才能看到此脚本的输出,因为它必须首先获取基因
和来自运行在 www.wormbase.org 的远程 AceDB 的蛋白质数据库。 蠕虫库.gff
然后可以使用以下命令将文件加载到 Bio::DB::GFF 数据库中:
%bulk_load_gff.pl -d 蠕虫库.gff
使用 onworks.net 服务在线使用 bp_process_wormbasep