这是命令 bp_search2gffp，可以使用我们的多个免费在线工作站之一（例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器）在 OnWorks 免费托管提供商中运行
程序：
您的姓名
bp_search2gff
概要
用法：
bp_search2gff [-o 输出文件] [-f 报告格式] [-i 输入文件名] 或 file1 file2 ..
商品描述
该脚本会将 SearchIO 报告（BLAST、FASTP、SSEARCH、AXT、WABA）转换为 GFF。
选项是：
-i infilename -（可选）输入文件名，将读取
ARGV 文件或来自 STDIN
-o 文件名 - 输出文件名 [默认 STDOUT]
-f 格式 - 搜索结果格式（blast、fasta、waba、axt）
（搜索是 fasta 格式）。 默认是爆炸。
-t/--type seqtype - 如果您想查看查询或命中信息
在全球金融论坛报告中
-s/--source - 指定源（将是算法名称
否则就像BLASTN）
--method - 特征的方法标签（primary_tag）
（默认为相似度）
--scorefunc - 解析时评估的字符串或文件
到一个将传递一个特性的闭包
对象并返回要打印的分数
--locfunc - 解析时评估的字符串或文件
到一个将被传递两个的闭包
特征，查询并命中，并返回
位置（符合 Bio::LocationI）
为每个 HSP 创建 GFF3 特征； 关闭
可以使用clone_loc()和create_loc()
为了方便起见，请参阅它们的 POD
--onehsp - 只打印每次命中的第一个 HSP 特征
-p/--parent - HSP 功能应引用的父级
如果不是命中或查询的名称（取决于
在--类型上）
--target/--notarget - 是否始终添加 Target 标签
-h - 这个帮助菜单
--version - 要使用的 GFF 版本（此处输入 3 以使用 gff 3）
--component - 生成 GFF 分量字段（染色体）
-m/--match - 生成一个“匹配”行，它是一个容器
所有相似 HSP 的
--addid - 在没有 --match 的情况下添加 ID 标签
-c/--cutoff - 指定评估截止值
另外在命令行上指定要处理的文件名。 如果没有文件
指定后，假定为 STDIN 输入。 您可以通过执行以下操作来指定：bp_search2gff
文件 1 文件 2 文件 3
使用 onworks.net 服务在线使用 bp_search2gffp
