这是 bp_search2tribep 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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bp_search2tribe - 将 SearchIO 可解析报告转换为 TRIBE 矩阵
概要
用法:
bp_search2tribe [-o 输出文件] [-f 报告格式] [-w/--weight] file1 file2 ..
商品描述
这个脚本对于大多数人的使用来说可能太慢了。 最好使用一些东西
比如scripts/searchio/fastam9_to_table,BLAST的-m 9输出,或者blast2table
BLAST O'Reilly 书从这些程序中获取表格输出,然后输入
使用 mcxdeblast 脚本和 --m9 选项将表转换为 MCL。
该脚本会将蛋白质搜索报告(BLASTP、FASTP、SSEARCH)转换为马尔可夫
TribeMCL 聚类矩阵。
选项是:
-o 文件名 - 输出文件名 [默认 STDOUT]
-f 格式 - 搜索结果格式(blast、fasta)
(搜索是 fasta 格式)。 默认是爆炸。
-w 或 --weight VALUE - 更改 E(0.0) 命中的默认权重
到 VALUE(默认值=200(即 1e-200))
-h - 这个帮助菜单
另外在命令行上指定要处理的文件名。 如果没有文件
指定然后假定 STDIN 输入。 您可以通过以下方式指定: bp_search2tribe
文件 1 文件 2 文件 3
使用 onworks.net 服务在线使用 bp_search2tribep
