这是 bp_sreformatp 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
您的姓名
bpsreformat - 转换序列格式
商品描述
此脚本使用 SeqIO 系统,该系统允许转换序列格式
序列数据或多序列比对数据。 这个名字来自于肖恩
Eddy 的程序 sreformat(HMMER pkg 的一部分)已经这样做了。 肖恩的程序尝试
在我们的代码中猜测输入格式,我们目前要求您指定
输入和输出格式是,如果数据来自多序列比对或来自
直序列文件。
用法:
bpsreformat -if INFORMAT -of OUTFORMAT -i FILENAME -o 输出.FORMAT
-h/--help 打印此帮助
-if/--informat 指定输入格式
-of/--outformat 指定输出格式
-i/--input 指定输入文件名
(要在 STDIN 上传递数据,请使用减号作为文件名)
-o/--output 指定输出文件名
(要在 STDOUT 上传递数据,请使用减号作为文件名)
--msa 指定这是多序列比对数据
--special 将特殊参数传递给 AlignIO/SeqIO
对象 -- 其中大部分用于 Bio::AlignIO 对象
逗号分隔的以下列表
nointerleaved -- 用于 phylip,非交错格式
idlinebreak -- 对于 phylip,使其成为 molphy 格式
百分比——对于 clustalw,每行显示 % id
使用 onworks.net 服务在线使用 bp_sreformatp