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bp_unflatten_seq - 将 genbank 或 genbank 样式的特征文件解压为嵌套
序列特征层次

概要

bp_unflatten_seq.PLS -e 3 -gff 〜/cvs/bioperl-live/t/data/AE003644_Adh-genomic.gb

bp_unflatten_seq.PLS——细节 〜/cvs/bioperl-live/t/data/AE003644_Adh-genomic.gb

bp_unflatten_seq.PLS -i foo.embl --从 embl --to chadoxml -o out.chado.xml

bp_unflatten_seq.PLS --notypemap --detail --to asciitree -ethresh 2 AE003644_Adh-genomic.gb

商品描述

这个脚本将 展开 将 SeqFeatures 的 genbank 或 genbank 样式文件放入嵌套的
层次结构。

参见 Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener

在 GenBank/EMBL 表示中，特征是“平坦的”——例如，没有链接
在 mRNA 和 CDS 之间，除了隐式链接（例如通过标签或通过剪接位点
坐标），这可能很难编码。

使用默认输出格式最容易说明这一点， 数据树

未平展的 genbank 功能集可能如下所示 (AB077698)

序列号：AB077698
数据库条目 1..2701[+]
基因
基因
CDS hCHCR-G 80..1144[+]
外显子 80..1144[+]
Five_prime_UTR 1..79[+]
定位序列特征 137..196[+]
定位序列特征 239..292[+]
定位序列特征 617..676[+]
定位序列特征 725..778[+]
Three_prime_UTR 1145..2659[+]
多聚腺苷酸位点 1606..1606[+]
多聚腺苷酸位点 2660..2660[+]

或者像这样（AE003734的一部分）

基因
mRNA CG3320-RA
CDS CG3320-PA 53126..54971[-]
外显子 52204..53323[-]
外显子 53404..53631[-]
外显子 53688..53735[-]
外显子 53798..53918[-]
外显子 54949..55287[-]
mRNA CG3320-RB
CDS CG3320-PB 53383..54971[-]
外显子 52204..53631[-]
外显子 53688..53735[-]
外显子 53798..53918[-]
外显子 54949..55287[-]

非扁平化还将“规范化”包含层次结构（从某种意义上说）
标准化 - 例如确保始终有一个成绩单记录，即使 genbank
只指定CDS和基因）

默认情况下，GenBank 类型将映射到 SO 类型

参见 Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper

指挥 LINE 争论

-i|输入文件
输入文件（也可以指定为最后一个参数）

-从格式
输入格式（默认为 genbank）

将它用于非平面格式可能没有多大意义； 即除了
欧洲分子生物学实验室/基因库

-格式化
输出格式（默认为 asciitree）

应该真的是嵌套 SeqFeature 感知的格式； 我认为这只是
asciitree、chadoxml 和 gff3

-gff
导出为 GFF3 格式（pre-3 GFF 对未展平的序列没有意义，因为
他们没有固定的表示特征图的方式）

-o|输出文件
outfile 默认为 STDOUT

-详情
显示关于特征的额外细节（仅限 asciitree 模式）

-e|ethresh 整数
设置 unflattening 的错误阈值

默认情况下，如果这个脚本在 genbank 中遇到奇怪的东西，它会抛出一个 wobbly
文件 - 提高错误阈值以表示这些被忽略（并报告
标准错误）

-游牧
在 unflattening 中抑制 use_magic（参见 Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener

-无类型映射
抑制类型映射（参见 Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper

ALL

Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener 允许对 unflattening 进行细粒度控制
process - 需要添加更多选项以允许在命令行进行此控制

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