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cd-hit-454 - 快速分组序列，针对 454 数据进行优化

概要

cdhit-454 [附加选项]

商品描述

====== CD-HIT 4.6 版（构建于 23 年 2016 月 XNUMX 日）======

附加选项

-i fasta 格式的输入文件名，必需

-o 输出文件名，必填

-c 序列身份阈值，默认 0.98 这是一个“全局序列身份”
计算为：比对中相同氨基酸的数量除以完整的
较短序列的长度 + 间隙

-b 对齐带宽，默认 10

-M 程序的内存限制（以 MB 为单位），默认为 800； 0 为无限；

-T 线程数，默认1； 为 0，将使用所有 CPU

-n word_length，默认为10，选择请看用户指南

-aL 较长序列的对齐覆盖率，如果设置为 0.0，则默认为 0.9，
比对必须覆盖 90% 的序列

-AL 较长序列的对齐覆盖控制，如果设置为 99999999，则默认为 60，
并且序列的长度为400，那么比对必须>= 340 (400-60)
残留物

-作为 较短序列的对齐覆盖率，如果设置为 0.0，则默认为 0.9，
比对必须覆盖 90% 的序列

-作为 较短序列的对齐覆盖控制，如果设置为 99999999，则默认为 60，
并且序列的长度为400，那么比对必须>= 340 (400-60)
残留物

-B 1 或 0，默认为 0，默认情况下，如果设置为 1，则序列存储在 RAM 中，序列
存储在硬盘上，建议使用 -B 1 用于大型数据库

-g 1 或 0，默认 0 通过 cd-hit 的默认算法，一个序列被聚类到
第一个满足阈值的集群（快速集群）。 如果设置为 1，程序将
将其聚类到满足阈值的最相似的聚类中（准确但速度较慢
模式）但 1 或 0 不会改变最终集群的代表

-D 每个插入的最大大小，默认为 1

-比赛 匹配分数，默认 2

-不匹配
失配分数，默认 -1

-差距 差距开局得分，默认 -3

-间隙扩展
差距扩展分数，默认 -1

-巴克 写入备份集群文件（1 或 0，默认为 0）

-h 打印此帮助

问题、错误，请联系 Weizhong Li [电子邮件保护]

如果您觉得 cd-hit 有用，请引用：

“高度同源序列的聚类以减少大蛋白质的大小
数据库”, Weizhong Li, Lukasz Jaroszewski & Adam Godzik. Bioinformatics, (2001)
17:282-283 "Cd-hit：一个用于聚类和比较大集合的快速程序
蛋白质或核苷酸序列”, Weizhong Li & Adam Godzik. Bioinformatics, (2006)
22:1658-1659 《牛北方、傅立民、孙树雷和李伟中.人工和
宏基因组数据的焦磷酸测序读数中的自然重复。 BMC生物信息学
（2010）11:187

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