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cleanasn - 清理 NCBI ASN.1 对象中的违规行为

概要

清洁工 [-[-A 文件名[-C STR[-D STR[-F STR[-K STR[-L 文件名[-M 文件名]
[-N STR[-P STR[-Q STR[-R[-S STR[-T[-U STR[-V STR[-X STR[-Z STR[-a STR]
[-b[-c[-d STR[-f STR[-i 文件名[-j 文件名[-k 文件名[-m STR[-n 径]
[-o 文件名[-p 径[-q 径[-r 径[-v 径[-x 分机]

商品描述

清洁工 是一个实用程序，用于清除 NCBI ASN.1 对象中的不规则性。

配置

下面是选项的摘要。

- 打印使用信息

-A 文件名
加入列表文件

-C STR 序列操作，根据 str 中的标志：
c 压缩
d 解压
v 分段序列内的虚拟间隙
s 将分段集转换为增量序列

-D STR 根据 str 中的标志清理描述符：
t 删除标题
c 删除评论
n 删除 Nuc-Prot Set 标题
e 移除 Pop/Phy/Mut/Eco Set 标题
m 删除 mRNA 标题
p 删除蛋白质标题

-F STR 根据 str 中的标志清理功能：
u 删除用户对象
d 删除 db_xrefs
e 删除 /证据 和 /推理
r 删除多余的基因外部参照
f 融合重复特征
k 封装编码区域或零件特征
z 删除或更新 EC 编号

-K STR 根据 str 中的标志执行一般清理：
b 基本SeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup（通过外部实用程序）
SeriousSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n 规范化描述符顺序
u 删除 NcbiCleanup 用户对象
c 同步遗传密码
d 重新同步 CDS 分音
m 重新同步 mRNA 部分
t 重新同步肽部分
a 调整共识拼接
i 提升为“最差”的 Seq-ID

-L 文件名
日志文件

-M 文件名
宏文件

-N STR 根据 str 中的标志清理链接：
o 通过重叠链接 CDS mRNA
p 按产品链接 CDS mRNA
r 重新分配功能 ID
f 修复缺失的互惠特征 ID
c 清除功能 ID

-P 出版选项：
a 删除所有出版物
s 删除序列号
f 删除图形、编号和名称
r 删除备注
u 更新仅限 PMID 的发布
# 用 PMID 替换未发布

-Q STR 报告：
c 记录数
r ASN.1 BSEC 报告
s ASN.1 SSEC 报告
n NORM 与 SSEC 报告
e PopPhyMutEco AutoDef 报告
o 重叠报告
l 经纬度国家差异
d 记录 SSEC 差异
g GenBank SSEC 差异
f asn2gb/asn2flat 差异
h Seg-to-delta GenBank 差异
v 验证器 SSEC 差异
m 基因/RNA/PCR 现代化
u 未发布的 Pub 查找
p 发布的 Pub 查找
j 未编入索引的期刊报告
x 自定义扫描

-R 从 ID（NCBI 序列数据库）远程获取

-S STR 选择性差分过滤器（大写字母跳过）
上海证券交易委员会
黑海经合组织
作者
p 出版物
l 位置
核糖核酸
q 限定符排序顺序
g Genbank 块
k 封装 CdRegion 或部件功能
m 移动出版物
o 留下重复的 Bioseq 出版物
d 自动定义线
e Pop/Phy/Mut/Eco Set定义线

-T 分类查找

-U STR 根据 str 中的标志进行现代化：
g基因
核糖核酸
p PCR 引物

-V STR 按验证器严重性删除功能：
r 拒绝
错误
w 警告
信息

-X STR 每个 str 的其他选项：
d 自动定义线
e Pop/Phy/Mut/Eco Set定义线
n 实例化 NC 标题
m 实例化 NM 标题
x 特殊 XM 标题
p 实例化蛋白质标题
c 为编码序列创建 mRNA
f 修正倒数 protein_id/transcript_id

-Z STR 删除指定的用户对象

-a STR ASN.1 类型
任何（默认）
e序列输入
b 生物序列
s Bioseq 集
m Seq-提交
t 批处理 [字符串]

-b 输入 ASN.1 是二进制的

-c 输入 ASN.1 被压缩

-d STR 源数据库
任何（默认）
基因库
EMBL
DDBJ
b EMBL 或 DDBJ
参考序列
NCBI
v 仅分段序列
w 排除分段序列
x 排除 EMBL/DDBJ
y 排除 gbcon、gbest、gbgss、gbhtg、gbpat、gbsts

-f STR 子串过滤器

-i 文件名
单个输入文件（默认为标准输入）

-j 文件名
第一个文件名

-k 文件名
最后一个文件名

-m STR 平面文件模式：
发布
恩特雷兹
亮片
转储

-n 径
asn2 扁平化 可执行文件（默认为 /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o 文件名
单个输出文件（默认为 stdout）

-p 径
处理所有匹配的文件 径

-q 径
差评 可执行文件（默认为 /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r 径
结果的路径

-v 径
阿斯瓦尔 可执行文件（默认为 /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x 分机 使用的文件选择后缀 -p （默认为 .ent)

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