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cmfetch - 从文件中检索协方差模型

概要

获取 [选项]
（检索名为 CM )

获取 -f [选项]
（检索列在)

获取 - 指数 [选项]
（索引取）

商品描述

从一个或多个 CM 中检索 （例如，大型 Rfam 数据库）。

要启用非常快速的检索，请索引 首先，使用 获取 - 指数。 索引
是一个名为的二进制文件 .ssi。

默认模式是按名称或加入检索单个 CM，称为 . 针对
例：

% cmfetch Rfam.cm tRNA
% cmfetch Rfam.cm RF00005

随着 -f 选项，一个 而是读取包含一个或多个键的列表。
每个非空白非注释行上的第一个以空格分隔的字段
用作a , 并且忽略该行上的任何剩余数据。 这允许多种
用作空格分隔的数据文件 s。

使用时 -f 的网络 , if 已编入索引，键在
它们出现的顺序 , 但是如果 未编入索引，键在
它们出现的顺序 . 这是一个实现的副作用
允许检索多个密钥，即使 是一个不可重绕的流，比如
标准输入管道。

在正常使用中（没有 - 指数 or -f 选项）， 可能是“-”（破折号），这意味着
读取输入 标准输入 而不是一个文件。 随着 - 指数 选项， 未必
'-'; 索引标准输入流没有意义。 随着 -f 选项，或者
or （但不是两者）可能是“-”。 阅读通常特别有用
来自标准输入，因为这允许使用任意命令行
调用以创建 CM 名称或加入的列表，然后将它们全部提取到一个新文件中，
只需一个命令。

默认情况下，CM 以 Infernal-1.1 格式打印到标准输出。

配置

-h 帮助; 打印命令行用法和所有可用选项的简短提醒。

-f 第二个命令行参数是 而不是单个 .
每一行的第一个字段 用作检索 （一个CM名字
或加入）。 空行和注释行（以 # 字符开头）是
忽略了。

-o 输出 CM(s) 到文件 而不是标准输出。

-O 将 CM(s) 输出到名为的单个文件 而不是标准输出。 随着
-f 选项，这可能会导致创建许多文件。

- 指数
而不是从中检索一个或多个配置文件 , 索引
未来的检索。 这创造了一个 .ssi 二进制索引文件。

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