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翘曲 - B 样条非刚性配准

概要

经 参考图像 FloatingImage InitialXform

商品描述

该程序使用多分辨率优化来执行非刚性图像配准
基于体素的图像相似性度量和多分辨率 B 样条变换
模型。

配置

全球覆盖 工具包 可选项 （这些 旨在 共用的， by 所有 CMTK 工具）
- 帮帮我
将基本命令行选项列表写入标准输出。

--全部帮助
将基本和高级命令行选项的完整列表写入标准输出。

--维基
将命令行选项列表写入 MediaWiki 标记中的标准输出。

- 男人
将“nroff”标记中的手册页源代码写入标准输出。

--xml
在 XML 标记中编写命令行语法规范（用于 Slicer 集成）。

- 版
将工具包版本写入标准输出。

- 回声
将当前命令行写入标准输出。

--详细级别
设置详细级别。

--详细, -v
将详细级别增加 1（已弃用；支持向后兼容）。

--线程
设置最大并行线程数（对于 POSIX 线程和 OpenMP）。

转型 进出口
- 最初的
从给定路径初始化转换 [默认： 没有任何]

--write-itk-xform
ITK 格式最终转换的输出路径 [默认： 没有任何]

--写入重新格式化
写入重新格式化的浮动图像。 [默认： 没有任何]

转型 参数
--网格间距 , -g
控制点网格间距 [默认： 15]

--精确间距
使用精确的控制点间距； 不要修改间距以适合参考图像
边框

--细化
细化次数（控制点网格分辨率级别） [默认： 0]

--延迟精炼
延迟控制点网格细化； 首先切换到下一个更高的图像分辨率

--忽略边缘
沿每个图像面忽略 n 个控制点层 [默认： 0]

- 严格
将变形限制为坐标尺寸 ['x'、'y'、'z' 中的一个或多个]
[默认： 没有任何]

--无自适应修复
禁用控制点的自适应修复； 优化所有变形参数

--自适应修复阈值
用于修复局部控制点的熵准则的阈值因子 [默认： 0.5]

- 准确的
精确的计算方式：经过大量计算后可能会得到稍微好一点的结果
更长的计算 [这个 is 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 默认]

- 快速地
快速计算模式：可能会给出比精确模式稍差的结果，但可以节省
大量的 CPU 时间

- 转变, -S
切换参考和浮动图像

正则化 参数
--雅可比重量
基于 Jacobian 的局部体积保留约束的权重 [默认： 0]

--能量重量
网格弯曲能量约束的权重 [默认： 0]

--刚性-权重
局部刚性约束的重量 [默认： 0]

--ic-权重
逆一致性约束的权重 [默认： 0]

- 放松
交替欠约束迭代的权重松弛因子 [默认： -一]

--放松-展开
在每个分辨率级别之前，对变形的负雅可比区域进行正则化
展开它们。

优化 参数
- 勘探 , -e
搜索空间探索（初始步长） [默认： -一]

- 准确性 , -a
搜索精度（初始步长） [默认： -一]

--步进因子 , -f
搜索步长减小的因素。 必须 > 0.0 且 < 1.0 [默认值：0.5]
[默认： 0.5]

--delta-f-阈值
如果目标相对变化，则终止优化（级别）的可选阈值
功能低于此值。 [默认： 0]

--无最大范数
在优化中使用欧几里德范数进行梯度归一化，而不是最大范数

图片 分辨率 参数
- 采样 , -s
图像采样（最佳重采样图像分辨率） [默认： -一]

--最粗
多分辨率层次中图像采样的上限 [默认： -一]

--省略原始数据
不要在最终注册阶段使用全分辨率的原始数据。

图片 data
--注册指标
通过图像到图像配准进行运动估计的配准度量。 支持的
值：“nmi”、“mi”、“cr”、“msd”、“ncc”，其中默认值为“nmi”，或使用其中之一
执行以下操作：

--纳米
标准化互信息度量 [这个 is 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 默认]

--米 标准互信息指标

--cr 相关比度量

——默沙东
均方差度量

--NCC
归一化互相关度量

--匹配直方图
将浮动图像直方图与参考图像直方图匹配。

--强制外部值
将视场外的值强制为该值，而不是丢弃不完整的像素
对 [默认： 已禁用]

参考法案 图片 前处理
--类引用
数据类：灰色（默认）或标签 [默认： 没有任何]

--pad-ref
填充值 [默认： 已禁用]

--阈值最小参考
最小值截断阈值 [默认： 已禁用]

--阈值最大参考
最大值截断阈值 [默认： 已禁用]

--修剪直方图参考
基于直方图修剪的 bin 数量 [默认： 已禁用]

--直方图均衡参考
应用直方图均衡

--索贝尔过滤器参考
应用 Sobel 边缘检测过滤器

--作物索引参考
像素索引坐标中的裁剪区域[解析为 %d,%d,%d,%d,%d,%d for
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [默认： 没有任何]

--作物世界参考
世界坐标中的裁剪区域 [解析为 %f,%f,%f,%f,%f,%f for
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [默认： 没有任何]

漂浮的 图片 前处理
--class-flt
数据类：灰色（默认）或标签 [默认： 没有任何]

--pad-flt
填充值 [默认： 已禁用]

--阈值分钟 flt
最小值截断阈值 [默认： 已禁用]

--阈值-最大-flt
最大值截断阈值 [默认： 已禁用]

--prune-直方图-flt
基于直方图修剪的 bin 数量 [默认： 已禁用]

--直方图均衡-flt
应用直方图均衡

--sobel-过滤器-flt
应用 Sobel 边缘检测过滤器

--作物指数-flt
像素索引坐标中的裁剪区域[解析为 %d,%d,%d,%d,%d,%d for
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [默认： 没有任何]

--作物世界-flt
世界坐标中的裁剪区域 [解析为 %f,%f,%f,%f,%f,%f for
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [默认： 没有任何]

输出 参数
--outlist , -o
最终转换的输出路径 [默认： 没有任何]

- 协议 , -p
优化协议输出文件名 [默认： 没有任何]

- 时间 , -t
计算时间统计输出文件名 [默认： 没有任何]

--输出中间
为每一层写转换[默认：只写最终转换]

图像/转换 数据库
- D b
应使用新版本更新的图像/转换数据库的路径
注册和/或重新格式化的图像。 [默认： 没有任何]

作者

Torsten Rohlfing，Michael P. Hasak、Greg Jefferis、Calvin R.
Maurer、Daniel B. Russakoff 和 Yaroslav Halchenko

使用 onworks.net 服务在线使用 cmtk-warp