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compalign - 比较两个多重对齐

概要

比较 [-选项]

商品描述

比较 计算可信对齐和测试之间的分数“同一性”
结盟。 这两个文件必须包含完全相同的序列，完全相同
秩序。

多重序列比对的同一性被定义为平均同一性
所有 N(N-1)/2 对对齐。

两组成对比对的分数同一性依次定义如下
（对于对齐的已知序列 k1 和 k2，以及对齐的测试序列 t1 和 t2）：

匹配列/总列

其中总列数 = 包含的总列数
k1 或 k2 中的有效 (nongap) 符号；

匹配的列 = 其中之一的列数
以下是正确的：

k1 和 k2 在给定的列都有有效的符号； t1 和 t2
在 t1/t2 的列中对齐相同的符号
结盟;

k1 有一个与 k2 中的间隙对齐的符号； t1 中的那个符号是
也与间隙对齐；

k2 有一个与 k1 中的间隙对齐的符号； t2 中的那个符号是
也对齐到一个间隙。

由于计算了所有可能对的分数，因此算法的阶数为 (N^2)L
N个长度为L的序列； 大序列集需要一段时间。

配置

可用选项：

-h 打印简短的帮助和使用信息。

-c 仅在标记为 #=CS 共识结构下进行比较。

--信息
指定两个对齐都采用格式（例如 MSF）。

- 安静的
抑制详细标头（用于回归测试）。

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