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daligner - 长读对齐器

概要

达利纳 [-vbAI][-kINT(14)[-wINT(6)[-hINT(35)[-tINT[-MINT[-e双倍(.70)]
[-lINT(1000)[-sINT(100)[-HINT[-m跟踪时]+ 主题：数据库|坝 目标：数据库|坝 ...

商品描述

比较修剪后的序列 主题 阻止列表中的那些 目标 块
搜索至少涉及的局部对齐 -l 碱基对（默认 1000）或更多，
平均相关率为 -e （默认 70%）。 找到的局部对齐
将以稀疏编码输出，其中对齐上的跟踪点每隔
-s a-read 的碱基对（默认 100bp）。 读取在两个方向和
符合标准的局部比对输出到所描述的几个创建的文件之一
以下。 这 -v 选项打开详细报告模式，提供每个
计算的主要步骤。

选项 -k, -h及 -w 控制可能匹配的初始过滤搜索
读之间。 具体来说，我们的搜索代码寻找一对宽度对角线
2^w（默认 2^6 = 64）包含一组精确匹配的 k-mers（默认 14）
在两次读取之间，使得 k-mer 命中覆盖的碱基总数为 h
（默认 35）。 在当前实现中，k 不能大于 32。 如果 -b 选项
被设置，那么 达利纳 假设数据具有很强的成分偏差（例如 >65% AT
丰富），并以更多时间为代价，根据以下情况动态调整 k-mer 大小
组成偏差，因此使用的 mers 具有 4^k 的有效特异性。

如果有一个或多个间隔轨道指定 -m 选项，然后读取
掩码应用到的 DB 或 DB 被软掩码与间隔的并集
在所有适用的区间轨道中，即包含任何碱基中的任何 k-mers
为了播种匹配的目的，被屏蔽的间隔被忽略。 间隔轨道
是一个音轨，比如 DBdust 创建的“dust”音轨，它对一组间隔进行编码
在未修剪或修剪的 DB 上。

总是，一些 k-mers 显着过度代表（例如均聚物运行）。
这些 k-mers 创建了过多的匹配 k-mer 对，如果不加以处理，则会
导致 daligner 溢出可用物理内存。 处理这个问题的一种方法是
明确设置 -t 抑制使用出现更多的任何 k-mer 的参数
比 t 主题块或目标块中的时间。 然而，更好的处理方式
情况是让程序自动选择一个值 t 满足给定的
指定的内存使用限制（以 Gb 为单位） -M 范围。 默认情况下 达利纳 将使用
物理内存量作为选择 -M. 如果你想少用，只说8Gb
在 24Gb HPC 集群节点上，因为您想运行 3 达利纳 节点上的作业，然后
指定 -M8. 指定 -M0 基本上表明你不想要 达利纳 对自己
调整 k-mer 抑制以适应给定的内存量。

对于每个主题，目标块对，比如 X 和 Y，程序报告比对，其中
a-read 在 X 中，b-read 在 Y 中，反之亦然。 然而，如果 -A 选项是
设置（“A”表示“不对称”）然后只是重叠 a-read 在 X 中，b-read 在
在 Y 中被报告，如果 X = Y，那么它进一步只报告那些重叠的地方
a-read 索引小于 b-read 索引。 在任何一种情况下，如果 -I 选项已设置（“我”
对于“身份”），那么当 X = Y 时，同一读取的不同部分之间的重叠将
也被发现和报告。

每个找到的对齐记录为 -- a[ab,ae] x bo[bb,be] -- 其中 a 和 b 是
重叠读取的索引（在修剪后的 DB 中），o 表示 b 读取是否是
来自相同或相反的链，[ab,ae] 和 [bb,be] 是 a 和 bo 的间隔，
分别表示对齐。 程序将这些对齐记录放在名称为
是 XY[C|N]#.las 形式，其中 C 表示 b-read 是互补的，N
表示它们不是（执行两个比较）并且 # 是检测到的线程
并写出文件中包含的对齐集合。 那是文件
XYO#.las 包含由线程 # 产生的对齐，其中 a-read 来自 X 和
b-read 来自 Y，方向为 O。命令 达利纳 -A X Y 产生 2*NTHREAD
线程文件 XY?.las 和 达利纳 X Y 产生 4*NTHREAD 文件 XY?.las 和 YX?.las
（除非 X=Y 在这种情况下，只生成 NTHREAD 文件，XX?.las）。

默认情况下， 达利纳 比较数据库中较大的读取之间的所有重叠
比拆分 DB 或 DB 时设置的最小截止值，通常为 1 或 2 Kbp。 然而，
HGAP 组装管道只想纠正大读取，比如 8Kbp 或以上，等等
只需要 a-read 是大读数之一的重叠。 通过设置 -H
参数说 N，一个改变 达利纳 以便它只报告 a-read 重叠的地方
超过 N 个碱基对。

虽然默认参数设置适用于原始 Pacbio 数据， 达利纳 可以使用
用于在更正的读数或其他噪声较小的读数中有效地找到比对。 为了
例如，为了根据 .dams 映射应用程序，我们运行

达利纳 -k20 -h60 -e.85

在正确的读取上，我们通常运行

达利纳 -k25 -w5 -h60 -e.95 -s500

在这些设置下，速度非常快。

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