这是 DBshow 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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DBshow - 显示存储在 Dazzler 数据库中的读取
概要
数据库显示 [-unqUQ[-wINT(80)[-m跟踪时]+ 路径:数据库|坝 [ 读取:文件 | 阅读:范围 ...]
商品描述
显示数据库中请求的读取 径.db 或 径。坝。 默认情况下命令
适用于修剪后的数据库,但如果 -u 设置然后使用整个数据库。 如果没有读
给出参数,然后显示数据库或数据库块中的每次读取。
否则输入文件或提供的整数范围列表给出序数位置
在数据库的主动加载部分。 在文件的情况下,它应该只包含
读取索引,每行一个。 在另一种情况下,读取范围是一个单独的整数或
符号 $,在这种情况下,读取范围仅包含该读取(最后一次读取
数据库,如果 $)。 也可以给出两个用破折号隔开的正整数
表示整数范围,其中 $ 再次表示最后一次读取的索引
主动加载数据库。 例如,1 3-5 $ 显示读取 1、3、4、5,以及最后读取的
活动数据库。 再举一个例子, 1-$ 显示活动数据库中的每个读取(
默认)。
默认情况下显示读取序列的 .fasta 文件。 如果 -q 选项已设置,
然后 QV 流也以 fasta 格式的非标准修改显示。
如果 -n 选项设置然后DNA序列是 而不去 显示。 如果 -Q 选项已设置
然后显示一个 .quiva 文件,在这种情况下 -n 和 -m 选项可能未设置(和
这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 -q 和 -w 选项无效)。
如果设置了一个或多个掩码 -m 选项然后轨道间隔也是
显示在附加标题行中,并且间隔内的基数显示在
与用于所有其他碱基的情况相反。 默认情况下,输出序列是
小写,每行 80 个字符。 这 -U 选项指定应使用大写,
每行的字符数或行宽可以设置为任何正值 -w
选项。
输出的 .fasta 或 .quiva 文件可以通过以下方式转换为 DB fasta2数据库(1)和
quiva2DB(1)(如果 -q 和 -n 选项未设置,没有 -m 选项已设置),给一个
为测试目的制作读取子集的数据库的简单方法。
使用 onworks.net 服务在线使用 DBshow