这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 dotter,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
您的姓名
dotter - 带有图像增强工具的序列点图。
概要
dotter [选项] [X 选项]
商品描述
参考:Sonnhammer ELL & Durbin R (1995)。 一个动态点阵程序
适用于基因组 DNA 和蛋白质序列分析的阈值控制。 基因
167(2):GC1-10。
允许的类型:
蛋白质 - 蛋白质 DNA - DNA DNA -
蛋白质
选项:
-b
批处理模式,将点图写入
-l
从加载点图
-m
以 Mb 为单位的内存使用限制(默认 0.5)
-z
设置缩放(压缩)系数
-p
手动设置像素因子(比值pixelvalue/score)
-W
设置滑动窗口大小。 (K => Karlin/Altschul 估计)
-M
从分数矩阵中读取(Blast 格式;默认值:Blosum62)。
-F
读入序列和数据(替换序列文件)。
-f
从中读取要素段
-H 不要在启动时计算点图。
-R 开始时反转 Greyamp 工具。
-r 反向和补充水平序列(DNA vs 蛋白质)
-D 不要在自我比较中显示镜像
-w 对于 DNA:仅水平序列顶部链(Watson)
-c 对于 DNA:仅水平序列底链(克里克)
-q
Horizontal_sequence 偏移量
-s
Vertical_sequence 偏移
一些 X 选项: -acefont 主要字体。 -字体 菜单字体。
使用 onworks.net 服务在线使用 dotter