这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一（例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器）在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 ecoPCR
程序：
您的姓名
ecoPCR - 搜索与给定引物杂交的序列和分类学
概要
生态PCR [选项] <核苷酸 图案>
商品描述
ecoPCR 是由 LECA 和 Helix-Project 开发的电子 PCR 软件。 它有助于
估计条码引物的质量。
配置
-a ：用于 Tm 计算的以 M 为单位的盐浓度（默认 0.05 M）
-c : 考虑数据库序列是[c]循环的
-d : [D]atabase : 匹配预期格式，数据库
必须首先由 生态PCR格式(1) 程序。 生态PCR格式(1) 创建
三种文件类型：
.sdx : 包含序列
.tdx ：包含有关分类的信息
.rdx : 包含分类等级
ecoPCR 需要所有文件类型。 结果，你必须写数据库激进
没有任何扩展。 例如 /ecoPCRDB/gbmam
-D ：在计算机的每一侧保留指定数量的核苷酸
扩增序列（包括扩增的 DNA 片段加上两个目标
引物序列）。
-e : [E]rror : 寡核苷酸允许的最大错误（默认为 0）
-h : [H]elp - 打印帮助
-i : [I] 忽略给定的分类 ID。
分类 id 可使用 ecofind 程序获得。 查看它的帮助，输入 ecofind
-h 获取更多信息.
-k : [K]ingdom mode : 设置王国模式
默认超级王国模式。
-l : minimum [L]ength : 定义最小扩增长度。
-L ：maximum [L]ength：定义最大扩增长度。
-m : Tm 计算的盐校正方法 (SANTALUCIA : 1
或 OWCZARZY:2，默认值=1)
-r : [R] 将搜索限制为给定的分类 ID。
分类 id 可使用 ecofind 程序获得。 查看它的帮助，输入 ecofind
-h 获取更多信息.
第一个参数：直接链的寡核苷酸
第二个论点：反向链的寡核苷酸
表格结果说明：
第1栏：登录号
第 2 列：序列长度
第 3 列：分类 ID
第 4 列：排名
第 5 列：物种分类 ID
第6栏：学名
第 7 列：属分类 ID
第8列：属名
第 9 列：科分类 ID
第 10 列：姓氏
第 11 列：超级王国分类 ID
第12栏：超级王国名称
第 13 列：链（直接或反向）
第 14 栏：第一个寡核苷酸
第 15 列：第一条链的错误数
第 16 栏：该位点引物 1 杂交的 Tm
第 17 栏：第二个寡核苷酸
第 18 列：第二条链的错误数
第 19 栏：该位点引物 1 杂交的 Tm
第 20 列：扩增长度
第 21 列：序列
第 22 栏：定义
使用 onworks.net 服务在线使用 ecoPCR
