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formatdb - 为 BLAST 格式化蛋白质或核苷酸数据库

概要

格式数据库 [-[-B 文件名[-F 文件名[-L 文件名[-T 文件名[-V[-a[-b[-e]
[-i 文件名[-l 文件名[-n STR[-o[-p F[-s[-t STR[-v N]

商品描述

格式数据库 之前必须使用以格式化蛋白质或核苷酸源数据库
这些数据库可以通过blastall、blastpgp 或MegaBLAST 进行搜索。 源数据库
可以是 FASTA 或 ASN.1 格式。 尽管 FASTA 格式最常用作
输入到 格式数据库，使用 ASN.1 对那些使用 ASN.1 作为
其他格式的通用来源，例如 GenBank 报告。 一旦一个源数据库文件
已被格式化 格式数据库 BLAST 不需要它。 请注意，如果您是
将使用定期更新到您的 BLAST 数据库 合并(1), 你需要
保留源数据库文件。

配置

下面是选项的摘要。

- 打印使用信息

-B 文件名
从指定的 Gifile 生成的二进制 Gifile -F. 此选项指定
二进制 GI 列表文件的名称。 此选项应与 -F 选项。 一种
文本 GI 列表可以用 -F 选项和 -B 选项将产生
二进制格式的 GI 列表。 二进制文件较小，BLAST 不需要
转换它，所以它可以更快地阅读。

-F 文件名
用于使用的 Gifile（包含 gi 列表的文件） -B or -L

-L 文件名
创建一个名为的别名文件 文件名, 将搜索到的序列限制为
由 -F.

-T 文件名
根据表中的表在 ASN.1 deflines 中设置分类 ID 文件名.

-V 详细：检查数据库中的非唯一字符串 ID

-a 输入文件是 ASN.1 格式的数据库（否​​则需要 FASTA）

-b ASN.1 数据库是二进制的（与 ASCII 文本相反）

-e 输入是一个序列条目。 源 ASN.1 数据库（文本 ascii 或二进制）可以
包含一个 Bioseq-set 或仅一个 Bioseq。 在后一种情况下 -e 应该提供。

-i 文件名
用于格式化的输入文件

-l 文件名
日志文件名（默认 = 格式db.log)

-n STR BLAST 文件的基本名称（默认为原始 FASTA 文件的名称）

-o 解析 SeqID 并创建索引。 如果源数据库是 FASTA 格式，则
FASTA 定义行中的数据库标识符必须遵循以下约定
FASTA 定义格式。

-p F 输入是核苷酸，而不是蛋白质。

-s 仅按登录名索引，而不按位置索引。 这对序列集特别有用
就像 EST 的登录名和基因座名称相同。 Formatdb 运行
如果使用此选项，则更快并生成更小的临时文件。 它是强烈
推荐用于 EST、STS、GSS 和 HTGS。

-t STR 数据库文件的标题 [String]

-v N 将大型 FASTA 文件分解为大小的“卷” N 百万字母（4000
默认）。 作为创建卷的一部分， 格式数据库 编写一种新型的 BLAST
数据库文件，称为别名文件，扩展名为“nal”或“pal”。

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