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freecontact - 快速蛋白质接触预测器

概要

自由接触 [选项]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] <alignment.aln>contacts.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' <alignment.fa | 自由联络
--parprof evfold >contacts.out

自由联系--ali=阿里档案 --应用间隙=BOOL --clustpc=民 --密度=民 --cov20=BOOL
--估计-ivcov=BOOL --间隙=民 --icme-超时=民 --输入格式=[平面|xml]
--mincontsep=民 --输出格式=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --伪字符=民
--pscount-权重=民 --rho=民 --线程=民 --veczw=BOOL

freecontact --help --debug --quiet --version

商品描述

FreeContact 是一种针对速度进行了优化的蛋白质残留接触预测器。 FreeContact 可以
作为已发布的接触预测器 EVfold-mfDCA 的加速插入
DS。 马克斯等人。 (2011) [1] 和 D. Jones 等人的 PSICOV。 (2011) [2]。

FreeContact 通过向量指令、多线程和
加快关键部分的实施。 根据对齐方式，8 倍或更高的加速
是可能的。

有意义的结果需要足够大的对齐。 至少，一个
与大于长度的有效（加权后）序列计数对齐
应该使用查询序列。 与数以万计（有效）序列的比对
被认为是好的输入。

手提钻（1）或 哈布利茨(1) 可用于生成对齐，例如。

[1] 公共科学图书馆一。 2011年；6(12):e28766。 doi：10.1371/journal.pone.0028766。 电子版 2011 年 7 月 XNUMX 日。
根据进化序列变异计算的蛋白质 3D 结构。 马克 DS, Colwell LJ,
Sheridan R、Hopf TA、Pagnani A、Zecchina R、Sander C.

[2] 生物信息学。 2012 年 15 月 XNUMX 日；28(2):184-90。 Epub 2011 年 17 月 XNUMX 日。 PSICOV：精确
使用稀疏逆协方差估计对大倍数进行结构接触预测
序列比对。 Jones DT、Buchan DW、Cozzetto D、Pontil M.

输入
支持以下格式：

平面
使用以下简单的输入文件格式：

# 查询开始=5
# 查询=QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
带有无间隙插入的查询序列
-对齐---序列--带间隙--
另一个对齐------------序列

'#' 标题行是可选的。 标题行用于计算接触残留
数字并查找某些输出格式的相应查询残基。

如果未定义查询，则使用比对中的第一个序列作为查询
序列。 查询序列不得包含比对中的间隙。

所有对齐行的长度必须相同，并且只能包含
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-]。 [B] 映射到 [D]，[Z] 映射到 [E]，[JOUX] 是
映射到 [X]。 [X] 在整个程序中仅匹配自身。

A2M 输入对齐可以转换为上述格式使用
/usr/share/freecontact/a2m2aln. a2m2aln 可用于直接管道对齐
进入自由接触。

XML 一个 XML 文档http://rostlab.org/freecontact/xsd“/>
元素，在源自 BioXSD [4] 的 FreeContact 模式 [5] 中定义。

示例： /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

输出
默认情况下使用原始 EVfold-mfDCA 或 PSICOV 输出格式
参数配置文件被选中。

展开 （EVfold-mfDCA）
5K 6L 0.332129 3.59798
| | | | | + 修正规范 (CN) 接触分数
| | | | + 互信息 (MI) 分数
| | | + 联系氨基酸残基代码
| | + 接触残留数
| + 联系氨基酸残基代码
+ 接触残留数

联系人按残留编号排序。

pfrmat_rr （普西科夫）
CASP残基-残基分离预测（PFRMAT RR）格式[3]：

55 67 0 8 10.840280
| | | | + 联系分数
| | 为残基对预测的 Cb-Cb 距离的 ++ 范围 [Å]
| | （甘氨酸的 C-alpha）
| | 这两个字段在输出中是不变的。
| + 接触残留数
+ 接触残留数

联系人按分数降序排列。

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?页=格式>

生物素
一个 XML 文档http://rostlab.org/freecontact/xsd“/>
元素，在源自 BioXSD [4] 的 FreeContact 模式 [5] 中定义。

示例： /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

注意：由于 BioXSD 正在与 FreeContact 合作积极开发，
FreeContact 模式实际上可能源自 [5] 中尚未提供的版本。

[4]

[5]http://bioxsd.org>

输出可能不会列出所有可能的联系人。

参考文献：

提交。 FreeContact：快速且免费的直接残留-残留接触预测。
Kaján L、Sustik MA、Marks DS、Hopf TA、Kalaš M、Rost B.

配置

-a [ --threads ] 参数
要使用的线程 [0-)。 0 表示与内核一样多。

--apply-gapth 参数
如果为真，则排除具有加权间隙频率的残基列和行 > --间隙
来自协方差矩阵 [Boolean]。

-c [ --clustpc ] 参数
BLOSUM 聚类百分比 [0-100]。

--cov20 参数
如果为真，则在协方差矩阵中留下一个氨基酸，使其不被过度确定
[布尔]。

-d [--密度] arg
目标精度矩阵密度 [0-1]。 放 0 不控制密度。

-调试
开启调试。

--估计-ivcov arg
使用逆协方差矩阵估计而不是矩阵求逆 [Boolean]。

-f [--ali] 参数 (=-)
对齐文件 [路径]。 如果'-'，标准输入。 默认： '-'。

-g [ --gapth ] 参数
加权间隙频率阈值 (0-1]。

-h [--帮助]
生成此帮助消息。

-i [ --input-format ] arg (=扁平)
输入格式 [f​​lat|xml]。

--icme-timeout 参数 (=1800)
以秒为单位的逆协方差矩阵估计超时 [0-)。 应用于每个反转
独立调用。 如果发生超时，程序以状态退出 2.

--mincontsep 参数
以氨基酸给出的最小顺序接触残基对分离为
(ji>=arg)。 1 对于相邻的残基。 [1-)。

-o [ --output-format ] 参数
输出格式 [evfold|pfrmat_rr|bioxsd]。

--parprof 参数（=默认）
参数配置文件（可选）[默认|evfold|psicov]。 默认配置文件是 展开.

命令行参数可用于覆盖配置文件值。

展开
触发 EVfold-mfDCA [1] 兼容模式。

西科夫
触发 PSICOV [2] 兼容模式。

普西科夫-SD
触发 PSICOV [2] 合理的默认模式：固定默认 rho，无密度控制。

-w [ --pscount-weight ] 参数
伪计数权重 [0-1]。

-p [ --pseudocnt ] 参数
伪计数 [0-)。

--打气
在标准误差上打印有效参数。 使用此选项查看哪些参数
自由联络(1) 详细运行。 这在以下情况下特别有用 --parprof
option 与其他选项结合使用。

--rho 参数
Glasso 正则化参数的初始值 [0-)。 如果为负，则选择值
自动。

--quiet 参数 (=0)
在标准错误上只打印错误消息。 不影响 -调试.

--veczw 参数
可用时使用矢量化序列加权 [Boolean]。

- 版
印刷版。

退出 状态

0 没有错误 - 成功。

1 未指明的错误。

2 超时（见 --icme-超时） 发生。

示例

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd <'/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml'> PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

附注

为获得最佳性能，请使用自动调谐线性代数软件 (ATLAS)
图书馆 编译 on 此 机 运行 freecontact 的地方。

使用 onworks.net 服务在线使用 freecontact