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gdcmimg - 操作 DICOM 图像文件。

gdcmimg 是一个低级工具，允许从/向 DICOM 图像解压/封装。 这个工具做
不了解传输语法转换。 它将按原样封装原始数据。 这个
在某些情况下会产生一些影响，请参阅下面的特殊警告。

需要注意的是 gdcmimg 只能封装正确的输入文件，例如
JPG 和/或 JP2 被接受，因为可以找到相关的 DICOM 传输语法。
但是，诸如 TIFF 和/或 PNG 之类的输入不是，因为 DICOM 不支持这些。 看
而是使用诸如 gdcm2vtk 之类的工具。

概要

gdcmimg [选项] 文件输入文件输出

商品描述

- gdcmimg 命令行工具可以以两种方式使用：

· 1. 将可识别的文件格式转换为其封装的 DICOM 对应格式，

· 2. 匿名化DICOM 文件的矩形部分。

有无库存

file-in 输入文件名（非 DICOM）

file-out DICOM 输出文件名

配置

-i --input 输入文件名
-o --output 输出文件名

具体 配置

--endian %s 字节序 (LSB/MSB)。
-d --depth %d 深度（8/16/32 或 BitsAllocated 例如，已知时为 12）。
--sign %s 像素符号 (0/1)。
--spp %d 每像素采样数 (1/3)。
-s --size %d,%d 大小。
-C --sop-class-uid SOP 类 UID（名称或值）。
-T --study-uid 研究 UID。
-S --series-uid 系列 UID。
--root-uid 根 UID。

填 配置

-R --region %d,%d 区域。
-F --fill %d 用指定的像素值填充。

一般 配置

-h --帮助
打印此帮助文本并退出

-v --版本
打印版本信息并退出

-V --详细
详细模式（警告+错误）。

-W --警告
警告模式，打印警告信息

-E --错误
错误模式，打印错误信息

-D --调试
调试模式，打印调试信息

环境 变量

GDCM_ROOT_UID 根 UID

支持的 文件 FORMAT （合适的 文件 延期）

gdcmimg 将根据文件扩展名进行转换。 遵循以下清单
识别的文件扩展名。 如果未找到扩展名，则假定为 DICOM 文件。

输入格式

* RAW（原始、原始、灰色、RGB）
* RLE (rle)
* PNM（pgm、pnm、ppm）
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000（jp2、j2k、j2c、jpx、jpc）
* JPEG（jpg、jpeg、ljpg、ljpeg）
* 数字通信 ()

输出格式：

* 铂族金属（铂族金属、pnm、ppm）
* 数字通信 ()

对于 RAW 文件格式，您应该特别注意 –endian 选项。 对于（旧）
JPEG 文件格式，支持有损和无损格式，用户需付费
注意 –sign 选项。 对于 RLE 或 RAW 等文件格式，用户应
填写所需的信息以查找输入数据的维度和类型，因为没有
查找此信息的其他方法。 对于所有其他文件格式，派生属性
从文件格式本身。

PNM 文件应该是大端（对于深度 > 8 很重要）

典型 用法

删除 a 长方形 部分 of 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 图片
要填充 DICOM 图像的区域 [0,100]x[0,100]，只需执行以下操作：

$ gdcmimg --fill 0 --region 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm

警告：如果像素数据被压缩，图像首先被解压缩，以便像素
可以设置为0，但不会重新压缩。

转化率 未处理 至 DICOM
可识别的扩展名是 .raw、.rawl、.gray 或 .rgb（不区分大小写）

$ gdcmimg --大小 512,512 --深度 16 -i 输入.raw -o 输出.dcm

该图像将是次要捕获。

当输入为 3 分量时，需要明确指定 Samples Per Pixel：

$ gdcmimg --size 512,512 --spp 3 input_rgb.raw 输出_rgb.dcm

当文件名包含 .rgb 作为文件扩展名时，输出会自动识别为
RGB 无需指定 –spp

$ gdcmimg --大小 512,512 输入.rgb 输出_rgb.dcm

您可以使用 dd cmd 行跳过您想丢弃的任何标题，例如，如果
您想跳过前 108 个字节，只需执行以下操作：

$ dd 跳过=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw

.raw 和 .rawl 扩展名是等价的。 您需要明确指定字节顺序
手动：

$ gdcmimg --endian MSB --大小 512,512 --深度 16 -i 输入.raw -o 输出.dcm

or

$ gdcmimg --endian LSB --大小 512,512 --深度 16 -i 输入.raw -o 输出.dcm

转化率 PGM/PNM/PPM 至 DICOM
可识别的扩展名是 .pgm、.pnm、.ppm（不区分大小写）

$ gdcmimg -i 输入.pgm -o 输出.dcm

该图像将是次要捕获

转化率 RLE 至 DICOM
识别的扩展名是 .rle（不区分大小写）

$ gdcmimg --大小 512,512 --深度 16 -i 输入.rle -o 输出.dcm

该图像将是次要捕获

转化率 JPEG格式 至 DICOM
可识别的扩展名是 .jpg、.jpeg、.ljpg、.ljpeg（不区分大小写）

$ gdcmimg -i 输入.ljpeg -o 输出.dcm

该图像将是次要捕获

转化率 J2K 至 DICOM
可识别的扩展名是 .j2k、.jp2、.jpc、jpx、j2c（不区分大小写）

$ gdcmimg -i 输入.j2k -o 输出.dcm

该图像将是次要捕获。

所有像素信息（存储/分配的位...）都将来自图像本身，
而不是来自命令行选项。

指定 a SOP 增益级 UID
代替默认的二级捕获图像存储，人们可能想要指定，比如 VL
摄影图像存储。

$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 输入.jpg 输出.dcm

多 FILES

gdcmimg 可以很好地处理一组文件（例如 jpeg）：

$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg 输出.dcm

指定支持多帧图像的 SOP 类很重要，否则
gdcmimg 将失败。

主页 OFFSET

在某些情况下，人们可能希望从任意体积（例如 2D）创建 3D 切片。 在
在这种情况下 –offset 变得方便：

$ gdcmimg --偏移4954104330 --大小1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw slice_1770.dcm

警告

gdcmimg 实现有几个问题：

对于 RAW 文件，需要注意的是，当使用 –endian MSB 时，Pixel Data 将是
按原样封装（gdcmimg 未触及）。 因此唯一可能的传输语法
可用的是隐式 VR Big Endian DLX（GE Private）。 GDCM 确实处理这个私人
传输语法。 因此，如果您需要将此传输语法转换为另一种（并允许
像素数据操作），您可以使用：

$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm

对于 JFIF 文件和 JP2 文件（带标题），标题被复制到像素数据元素中
这对 JP2 来说是非法的。 使用 gdcmconv 将 JP2/JFIF 文件正确地重新编码为 J2K/JPG。

$ gdcmimg 输入.jp2 输出_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force 输出_jp2.dcm 输出_j2k.dcm

对于 RLE 文件，不检查是否跨越行边界。 建议使用
gdcmconv –rle 以在有疑问的情况下重新编码为正确的 RLE 文件。

当然，如果您的设置无法压缩，您可以随时解封
使用 gdcmconv 将 DICOM 文件（通常为 JPEG）转换为非封装形式：

$ gdcmconv --raw input_jpeg.dcm 输出_raw.dcm

使用 onworks.net 服务在线使用 gdcmimg