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基因组音乐 bmr calc-wig-covg - 为每个给定的摆动轨迹计算每个基因的覆盖碱基
格式文件。

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本文档介绍了基因组音乐 bmr calc-wig-covg 0.04 版 (2016-01-01 at
23:10:18)

概要

基因组音乐 bmr calc-wig-covg --roi-file=? --reference-sequence=? --wig-list=?
--输出目录=？

一般用法：

... 音乐 bmr calc-wig-covg \
--假发列表 input_dir/wig_list \
--输出目录 output_dir/ \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--roi 文件 input_dir/all_coding_exons.tsv

所需 争论

roi 文件 文本
以制表符分隔的 ROI 列表 [chr start stop gene_name]（参见说明）

参考序列 文本
FASTA 格式的参考序列路径

假发清单 文本
WIG 文件的制表符分隔列表 [sample_name wig_file]（参见说明）

输出目录 文本
将写入输出文件和子目录的目录

商品描述

此脚本计算给定的每个基因的 ROI 中具有足够覆盖率的碱基
摆动轨道格式文件，并将它们分类为 - AT、CG（非 CpG）和 CpG 计数。
它还将每个样本的每个基因的所有 ROI 的这些碱基计数相加，但是
位于重叠 ROI 内的覆盖碱基不会被多次计入
这些总数。

争论

--roi-文件
每个基因的感兴趣区域 (ROI) 通常是针对
测序或合并 2-bp 基因的外显子位点（来自多个转录本）
侧翼（接头）。 对于每个基因的碱基计数，重叠的碱基将是
每次出现在同一基因的 ROI 中时都会进行计数。 为避免这种情况，请务必
将相同基因的重叠 ROI 合并在一起。 如果使用 BEDtools 的 mergeBed 可以提供帮助
每个基因。
--参考序列
FASTA 格式的参考序列。 如果未找到参考序列索引
在此文件（.fai 文件）旁边，它将被创建。
--假发列表
提供一个包含样本名称和摆动轨道格式文件位置的文件
每个。 每行使用制表符分隔格式 [sample_name wig_file]。 附加列
像临床数据是允许的，但被忽略了。 sample_name 必须与
MAF 文件中使用的肿瘤样本名称（第 16 列，标题为
Tumor_Sample_Barcode）。
--输出目录
指定将在其中创建/写入以下内容的输出目录：roi_covgs：
包含每个 ROI 覆盖的每个样本的基本计数的子目录。 基因_covgs：
包含每个基因覆盖的每个样本的碱基计数的子目录。 total_covgs：
包含每个样本的整体非重叠覆盖率的文件。

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