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geom - 分析笛卡尔坐标中的分子几何输入。

商品描述

该程序 几何 读取一组笛卡尔坐标并从中确定键
距离（玻尔和埃）、键角、扭转角、平面外角
（可选）、转动惯量和旋转常数。

FILES 所需

input.dat - 输入文件
和以下之一：
geom.dat - 几何文件
file11.dat - PSI 格式的几何/渐变文件

FILES 生成

geom.out - 包含分析的文件

INPUT 配置

几何 程序有以下选项：

-h 打印帮助信息（这些选项）。

-王牌 [文件名]
以 ACES 输出格式读取输入，每行由原子组成
符号、原子序数和笛卡尔坐标（以玻尔为单位）。 可选参数
是几何输入文件的名称，默认为 地理数据.

-qchem [文件名]
以 QCHEM 输出格式读取输入，每行由原子组成
数字、原子符号和笛卡尔坐标（以埃为单位）。 可选的
参数是几何输入文件的名称，默认为 地理数据.

-xyz [文件名]
以 XYZ 输出格式读取输入。 第一行包含数量
原子，第二行是注释行。 随后的每一行都包含
原子符号和笛卡尔 XY 和 Z 坐标（以埃为单位）。 可选的
参数是几何输入文件的名称，默认为 地理数据.

-哎呀 打印平面外角度，其中角度 abcd 定义为形成的角度
由向量 ad 和由原子 b、c 和 d 定义的平面。

面向对象编程 = 布尔
与上述命令行开关 -oop 相同。

同位素 = 矩阵 of 实数/字符串
用于指定用于计算质心和的质量
旋转常数。 为每个要计算的同位素提供一个阵列。
数组可以将浮点数与指定同位素的字符串混合在一起。
如果未给出此数组且存在 file11.dat，则质量将为
通过转换file11中的原子序数获得。 如果质量不是由
ISOTOPES 或通过文件 11，则不会计算与质量相关的数量。

-g [文件名]
从 file11.dat 以外的文件中读取笛卡尔坐标。 如果文件名不是
给定，默认值为 geom.dat。 假设替代文件采用一种格式
类似于 PSI 的 geom.dat。 由于此类文件不包含原子数，
如果此选项不计算转动惯量和旋转常数
用来。

READ_GEOM = 布尔
input.dat 中的这个选项告诉 几何 从 PSI 中的 geom.dat 读取几何
geom.dat 格式。

-a 打印所有对距离的参数。

PRINT_ALL_DIST = 布尔
与上述 -a 标志相同。

-d 距离
仅打印涉及小于的原子对的参数 距离 玻尔
分开（默认值为 4.0 bohr）。

打印距离 = 折扣值
与上述 -d 标志相同。

-埃
输入坐标以埃为单位，而不是波尔。

埃 = 布尔
If TRUE，输入坐标的单位是埃而不是玻尔。 默认是
FALSE.

以下示例用于计算水的几何信息
几种不同的同位素。 几何是从 geom.dat 而不是从
文件 11.dat。

几何：（
read_geom = 真
同位素 = (
(哦)
（奇怪的）
(O18 1.007825 1.007825)
））

<span>2017-06-11</span> 几何(1)

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