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getcds.pl - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 getcds.pl

这是 getcds.pl 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

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getcds.pl - 从各种注释格式中提取 CDS

概要


getcds.pl [选项] 输入文件 [输出文件] [输入文件 [输出文件] ...]

配置


选项​​包括:
重定向 => 在运行时启用重定向。 下面解释。
force => 允许写入空的 .cds 文件

如果 [输出文件] 未指定,则使用“[输入文件].cds”。

.redirect 文件可以执行很多黑魔法。 使用重定向
修改普通行为并且可以在全局基础上应用(.redirect 文件在
与 [input file] 相同的目录),和/或基于每个输入([input file].redirect)。
重定向按该顺序读取,以便将每个输入的效果应用于全局
影响。

如果您从 Ensembl 下载中保留了文件名,则相应的 Ensembl DB
来源将被自动猜测。

可能的重定向:

CDS - 更改在 bioperl 文件上运行时搜索的标签类型(默认为 CDS)
offset - 为所有坐标添加一些值
+bioperl - 在任何其他基于重定向的数据之上,还通过 bioperl 提取注释
(默认使用直接禁用 bioperl 的解析器)
ensembl_build - 从 ensembl 中获取数据(在指定的模式中)
ucsc_build - 从(在指定模式中)获取数据
murasaki_synth - 从对齐中合成每个锚的注释数据(如果这是
一个目录,然后检查每个输入文件(例如 input.lav)是否有相应的 .anchors
文件(例如 input.anchors)。
主要 - 根据从外部数据收集的数据创建的标签类型(例如:
ensembl、ucsc 或 murasaki)。 默认与 cds 重定向相同。
染色体 - 强制特定的染色体而不是从文件名派生
gtf - 从 .gtf 文件中提取注释

使用 onworks.net 服务在线使用 getcds.pl


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