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gff2aplot - 将用于成对对齐的 GFF 文件转换为 PostScript。

概要

gff2情节 [选项]

商品描述

本手册页简要记录了 gff2情节 命令。

gff2情节 是一个从 GFF 文件中绘制颜色填充对齐图的程序
比对和两个序列注释。

配置

自身上的双破折号“--”表示选项的结束和文件名的开始（如果
展示）。 您可以使用单个破折号“-”作为 STDIN 占位符。 可用选项和
此处列出了简短说明：

-H， - 帮帮我
显示选项摘要。

- 版
显示当前版本并退出。

-v， --详细
详细模式，将完整报告发送到标准错误（默认设置为显示
仅警告）。

-V, --logs-文件名
报告写入日志文件。

-q, - 安静的
安静模式，不对标准错误显示任何消息/警告（仅报告
错误）。

-p, - 页面大小
在预定义的页面中设置页面大小，请参见下面的可用页面列表
格式）。

--左边距

--右边距

--顶部边距

--margin-底部
将每个页边距设置为. 如果未提供单位，则假定为点，
您可以使用点、毫米、厘米或英寸（pt、mm、cm 或 in，
分别）。

-B, - 背景颜色
背景颜色。

-F， - 前景色
前景色。

-T, - 标题
定义情节标题。

-t, - 字幕
定义情节副标题。

-X， --x-标签
定义 X 轴标签。

-Y, --y-标签
定义 Y 轴标签。

-L, --百分比框标签
定义百分比框标签。

-l, --extra-box-标签
定义额外框标签。

-X， --x-序列坐标

-S， --start-x-序列
设置 X 序列第一个核苷酸。

-和， --end-x-序列
设置 X 序列的最后一个核苷酸。

-y, ---y 序列坐标

-是的， --start-y-序列
设置 Y 序列第一个核苷酸。

-e， --end-y-序列
设置 Y 序列的最后一个核苷酸。

--x-序列缩放

--y-序列缩放

-Z - 飞涨 [ [-S ] [-E ] [-S. ] [-e ] ]
此选项会缩放您使用 -S、-E、-s、-e 选择的区域（所有 4 个都是可选的）。

-z --缩放区域 [ [-S ] [-E ] [-S. ] [-e ] ]
此选项在绘图上标记缩放区域，但不进行缩放。

-一种， --对齐名称
如果您有多个比对，则定义要绘制哪个比对
在您的 gff 输入中。

-N, --x-序列名称
定义将在 X 轴上绘制哪个序列。

-n, --y-序列名称
定义将在 Y 轴上绘制哪个序列。

-r, --aplot-xy-noteq
默认情况下 X 和 Y 轴具有相同的长度，此选项禁用此类行为，因此 X
Y 序列的轴长度与其核苷酸长度成正比。

-R, --xy 轴比例 <X/Y 比例>
此选项允许在 X 轴和 Y 轴长度之间设置不同的比例（通过
默认为“1”）。 低于 1 的值使 Y 大于 X，大于 1 的结果是
使 X 大于 Y。# 必须更好地解释。

-W, --aln-比例-宽度
Aplot 线宽度的缩放分数。

-w, --aln-比例-颜色
Aplot 线的颜色缩放分数。

-K， --show-丝带
轴上所有特征的强制功能区为：(N)one、(L)ines、(R)ibbons、(B)oth。

-G， --显示网格
打开“打开”网格（默认为“关闭”）。

-G， --隐藏网格
关闭“关闭”网格（如果从自定义文件打开）。

-一世， --显示百分比框
打开“打开”百分比框（默认为“关闭”）。

-一世， --隐藏百分比框
关闭“关闭”百分比框（如果在自定义文件上设置为“打开”）。

-O, --显示额外框
打开“额外”框（默认为“关闭”）。

-o， --隐藏额外框
关闭“关闭”额外框（如果在自定义文件上设置为“打开”）。

-D, --aplot-box-颜色
Aplot 主框背景颜色。

-d, --百分比框颜色
百分比框背景颜色。

-b, --额外框颜色
额外的框背景颜色。

--nops警告
关闭 X 序列时可能出现在最终 PostScript 图形上的警告，
Y 序列和/或对齐输入数据丢失。

-一种， --隐藏信用
关闭情节上的 gff2aplot 信用线。

-调试
测试程序时报告变量内容。 需要那个日志报告文件
选项也被激活。

--布局变量 ' '

--序列变量 ' '

--源变量 ' '

--strand-var ' '

--group-var ' '

--特征变量 ' '
从加载特征/组/链/源/序列/布局自定义变量
命令行。 您可以通过重复这些选项中的任何一个来设置多个变量，
即：
... --feature-var 'cds::feature_shape=box'
--feature-var 'cds::feature_color=blue' ...

-C， --自定义文件名
从给定文件加载自定义参数（如果默认为“.gff2aplotrc”
在它之前加载存在）。

这些是 gff2aplot 中定义的颜色：
+ 默认颜色：黑白色。
+ 调色板：
灰色 粉色 洋红色 紫罗兰色 天蓝色 青色 seagreen
绿色石灰绿黄色橙色红色棕色
您可以从“非常深”的可变颜色中获得多达九种色调，
“deep”、“verydark”、“dark”、“light”、“verylight”、“pale”和“verypale”前缀，
例如：
非常深蓝，深蓝，非常深蓝，深蓝，蓝色，浅蓝，非常浅蓝，
淡蓝色和非常淡蓝色。
+ 动态颜色：渐变彩虹。

提供以下页面尺寸：从 A0 到 A10、从 B0 到 B10、10x14、
行政、对开、分类帐、法律、信函、四开、声明和小报。

环境 变数

用户可以根据自己的喜好设置两个环境变量：
+ 可以指定gff2aplot可以在shell中找到默认文件的路径
变量“GFF2APLOT_CUSTOMPATH”。 默认值是你运行的路径
gff2aplot。
+您还可以使用变量定义您喜欢的默认自定义文件名
“GFF2APLOT_CUSTOMFILE”，自定义文件的程序默认文件名是“.gff2aplotrc”。
+ 现在 gff2aplot 不需要写任何临时文件，所以以前的版本
不再使用默认临时目录路径变量（“GFF2APLOT_TMP”）。
+ 在 Bourne-shell 和 C-shell 中设置这些变量：
o 使用 Bourne-Shell（例如 bash）：
导出 GFF2APLOT_CUSTOMPATH="路径" 导出 GFF2APLOT_CUSTOMFILE="文件名"
o 使用 C-Shell：
setenv GFF2APLOT_CUSTOMPATH "路径" setenv GFF2APLOT_CUSTOMFILE "file_name"

使用 onworks.net 服务在线使用 gff2aplot