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gff2ps - 从 GFF 文件生成 PostScript 图形输出。

概要

gff2ps [选项] -- gff_files

商品描述

该程序从具有 gff 格式数据字段的文件中绘制填充颜色的点图。 这
程序将 GFF 格式的基因组序列上的注释特征作为输入，并且
在 PostScript 中产生视觉输出。

配置

-h 显示选项摘要。

-H
仅显示特定选项的帮助。

-V 详细模式，一个完整的报告被发送到标准错误（默认只发送
警告）。

-v 静默模式：禁用所有警告，不向标准错误发送消息。

-d 写入（或重写，如果存在）默认自定义文件。

-D
使用给定的文件名创建一个新的默认自定义文件。

-C
加载给定的自定义文件并附加到默认的自定义文件 (.gff2psrc)。

-s
用于修改页面大小（默认为 a4）。

-p 将页面方向切换为纵向（默认为横向）。

-G
设置 FOREGROUND 的颜色（默认为黑色）。

-g
设置背景颜色（默认为白色）。

-P <#> 设置拆分输出所需的页数（默认为一页）。

-S <#> 缩放第一个核苷酸（默认为序列起点）。

-E <#> 放大最后一个核苷酸（默认为序列长度）。

-B <#> 每页设置块（默认为一个）。

-N <#> 设置每行的核苷酸（默认是输入 gff-的最大序列位置
文件）。

-b 从左到右和从上到下的块（默认是从上到下先）。

-L 关闭标题（标题区域）。

-T
定义标题（默认为输入 gff 文件名）。

-t
定义副标题（默认为无）。

-l 不显示页码。

-O 不显示日期。

-o 不显示时间。

-M <#> 每行的主要刻度线数（默认为 10）。

-K <#> 主要刻度线以核苷酸为单位，默认为线的核苷酸长度
除以主要刻度线编号（请参阅选项 -T）。

-m <#> 主要刻度线之间的次要刻度线数（默认 10）。

-k <#> 核苷酸中的次要刻度线比例默认是主要刻度线大小除以
次要刻度线编号（请参阅选项 -t）。

-w, -f 关闭显示前向链（Watson）元素。

-C， -r 关闭显示反向链（克里克）元素。

-i 关闭显示与链无关的元素。

-0
设置帧“0”的颜色（默认为蓝色）。

-1 设置框架“1”的颜色（默认为红色）。

-2 设置框架“2”的颜色（默认为绿色）。

-3 为框架“.”设置颜色。 （默认为橙色）。

-n 关闭元素位置的标签。

-a 关闭绘图上的 CopyRight 线。

环境 变数

用户可以根据自己的喜好设置三个环境变量：

+ 可以指定GFF2PS可以在shell中找到默认文件的路径
变量“GFF2PS_CFDIR”。 默认值是您运行 GFF2PS 的路径。
+您还可以使用变量定义您喜欢的默认自定义文件名
“GFF2PS_CUSTOMFILE”，自定义文件的程序默认文件名为“.gff2psrc”。
+ GFF2PS 需要在具有当前权限的目录中写入少量临时文件
用户读写。 默认临时目录路径设置为“/ tmp /“ 但是你可以
使用变量“GFF2PS_TMP”分配不同的临时目录路径。

在 Bourne-shell (bash) 中设置这些变量：
导出 GFF2PS_CFDIR="路径"
导出 GFF2PS_CUSTOMFILE="文件名"
导出 GFF2PS_TMP="路径"

使用 C-Shell (csh)：
setenv GFF2PS_CFDIR“路径”
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "文件名"
setenv GFF2PS_TMP“路径”

评论

* 定义的颜色是：
基本颜色：黑色白色
可变颜色：灰色洋红色紫色蓝色天蓝色青色海绿色绿色石灰绿色黄色
橙红棕
您可以从“非常暗”、“暗”、“亮”和“暗”的“可变颜色”中获得五种色调。
“非常轻”前缀。 一个例子：verydarkseagreen darkseagreen seagreen lightseagreen
非常淡的海绿色

* 定义的页面大小是：
从 A0 到 A10，从 B0 到 B10，10x14，executive，folio，ledger，legal，letter，quarto，
声明和小报。

使用 onworks.net 服务在线使用 gff2ps