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glam2-purge - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 glam2-purge

这是 glam2-purge 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

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glam2-purge - 从 FASTA 文件中删除冗余序列

概要


glam2-清除 文件 得分了 [选项]

商品描述


glam2-清除 是 Andrew Neuwald 的修改版 清除 去除冗余的程序
FASTA 文件中的序列。 建议这样做以防止高度相似
序列扭曲了对基序的搜索。 Purge 适用于 DNA 或蛋白质
序列并创建一个输出文件,使得没有两个序列具有(无间隙)本地
对齐分数大于用户指定的阈值。 输出文件名为
. . 比对分数基于蛋白质的 BLOSUM62 矩阵,并基于
DNA 的 +5/-1 评分方案。 清除也可用于屏蔽串联重复。 它使用
XNU 程序为此目的。

配置


-n
序列是 DNA(默认:蛋白质)。

-b
使用爆炸启发式方法(蛋白质的默认值)。

-e
使用详尽的方法(DNA 的默认值)。

-q
保持集合中的第一个序列。

-x
使用 xnu 屏蔽蛋白质串联重复。

使用 onworks.net 服务在线使用 glam2-purge


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