这是 gmt-music-pfamp 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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gmt music pfam - 将 Pfam 注释添加到 MAF 文件
VERSION
本文档介绍了 gmt 音乐 pfam 版本 0.04 (2016-01-01 at 23:10:19)
概要
gmt 音乐 pfam --maf-file=? --输出文件=？ --reference-build=?
... 音乐 pfam \
--maf 文件 myMAF.tsv \
--输出文件 myMAF.tsv.pfam
所需 争论
maf 文件 文本
使用 TCGA MAF 规范 v2.3 的突变列表
输出文件 文本
输出带有报告 Pfam 注释域的额外列的 MAF 文件
参考构建 文本
选项是“Build36”或“Build37”。 此参数确保适当的注释
域有效值：
Build36
Build37
如果未指定，则为默认值“Build37”
商品描述
此命令将 Pfam 域添加到 MAF 文件末尾的列中。
这个工具需要一个 MAF 文件，确定其中每个变体的位置，然后使用
快速查找以检索变体交叉的所有 Pfam 注释域。 一种
列附加到名为“Pfam_Annotation_Domains”的输入 MAF 文件的末尾，其中
结果被列出。 如果未找到 Pfam 域，则会列出“NA”。
使用 onworks.net 服务在线使用 gmt-music-pfamp
