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gmx-covar - 计算和对角化协方差矩阵

概要

gmx协变量[-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>][-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-的 [<.gro/.g96/...>][-l [<.log>][-ascii [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>][-xpma [<.xpm>][-b [-e ]
[-dt [tu [-xvg [-[不]适合]
[-[没有]参考[-[不]mwa[-最后的 [-[不] PB]

商品描述

GMX 科瓦 计算和对角化（质量加权）协方差矩阵。 全部
结构适合结构文件中的结构。 当这不是跑步时
将不考虑输入文件的周期。 当拟合和分析组
是相同的并且分析是非质量加权的，拟合也将是非
质量加权。

特征向量被写入轨迹文件（-v）。 当相同的原子用于
拟合和协方差分析，先写拟合的参考结构
t=-1。 平均值（或参考时 -参考 使用）结构写成 t=0，
特征向量被写成帧，特征向量编号作为时间戳。

特征向量可以分析为 GMX 分析.

附加选项 -ascii 将整个协方差矩阵写入 ASCII 文件。 的顺序
元素是：x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

附加选项 -xpm 将整个协方差矩阵写入一个 .xpm 文件中。

附加选项 -xpma 将原子协方差矩阵写入一个 .xpm 文件，即每个原子对
xx、yy 和 zz 协方差的总和被写入。

请注意，矩阵的对角化需要的内存和时间会增加
至少与所涉及的原子数的平方一样快。 很容易用完
内存，在这种情况下，此工具可能会以“分段错误”退出。 你应该
仔细考虑减少的原子集是否能满足您降低成本的需求。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

指定输出文件的选项：

-o [<.xvg>] （特征值.xvg）
xvgr/xmgr 文件

-v [<.trr/.cpt/...>] （特征向量.trr）
全精度轨迹： TRR CPT TNG

-的 [<.gro/.g96/...>] （平均.pdb）
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是

-l [<.log>] （covar.log）
日志文件

-ascii [<.dat>] (covar.dat) （可选）
通用数据文件

-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件

-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧

tu （PS）
时间值单位：fs、ps、ns、us、ms、s

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-[不]适合 （是）
适合参考结构

-[没有]参考 （否）
使用与结构文件中的构象的偏差，而不是从


-[不]mwa （否）
质量加权协方差分析

-最后的 （-1）
要写掉的最后一个特征向量（-1 直到最后一个）

-[不] PB （是）
对周期性边界条件应用修正

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