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gmx - 分子动力学模拟套件

概要

通用 [-[不]h[-[不]安静[-[无]版本[-[无]版权[-好 ]
[-[无]备份]

商品描述

GROMACS 是一套功能齐全的程序，用于执行分子动力学模拟，
即，模拟具有数百到数百万个粒子的系统的行为，使用
牛顿运动方程。 它主要用于研究蛋白质、脂质和
聚合物，但可应用于各种化学和生物研究
的问题。

配置

其他选项：

-[不]h （否）
打印帮助并退出

-[不]安静 （否）
不要打印常见的启动信息或报价

-[无]版本 （否）
打印扩展版本信息并退出

-[无]版权 （是）
在启动时打印版权信息

-好 (19)
设置 nicelevel（默认取决于命令）

-[无]备份 （是）
如果输出文件存在，则写入备份

型车 指令

以下命令可用。 请参阅他们各自的手册页或 GMX
帮助 进一步的细节。

轨道 分析
GMX-Gangle(1)
计算角度

gmx-距离(1)
计算位置对之间的距离

无 gmx 体积(1)
计算自由体积

gmx-pairdist(1)
计算位置组之间的成对距离

GMX-RDF(1)
计算径向分布函数

gmx-莎莎(1)
计算溶剂可及表面积

gmx-选择(1)
打印有关选择的一般信息

发电 拓扑结构 和 坐标
gmx-editconf(1)
编辑框并写入子组

gmx-x2顶(1)
从坐标生成原始拓扑

gmx-溶剂化物(1)
解决一个系统

gmx-插入-分子(1)
将分子插入现有的空位

gmx-genconf(1)
乘以“随机”方向的构象

gmx-genion(1)
在能量有利的位置生成单原子离子

gmx-genrestr(1)
为索引组生成位置限制或距离限制

gmx-pdb2gmx(1)
将坐标文件转换为拓扑和符合 FF 的坐标文件

运行 a 模拟
gmx 格罗普(1)
制作运行输入文件

gmx-mdrun(1)
执行模拟，进行正常模式分析或能量最小化

gmx-转换-tpr(1)
制作一个修改过的运行输入文件

查看 轨迹
gmx-nmtraj(1)
从特征向量生成虚拟振荡轨迹

gmx-视图(1)
在 X-Windows 终端上查看轨迹

处理中 能量
gmx-灌肠剂(1)
从能量文件中提取能量矩阵

gmx-能量(1)
将能量写入 xvg 文件并显示平均值

gmx-mdrun(1)
（重新）使用 -rerun 计算轨迹帧的能量

转换 档
gmx-editconf(1)
转换和操作结构文件

gmx-eneconv(1)
转换能量文件

gmx-sigeps(1)
将 c6/12 或 c6/cn 组合转换为 sigma/epsilon 或从 sigma/epsilon 转换

gmx-trjcat(1)
连接轨迹文件

gmx-trjconv(1)
转换和操作轨迹文件

gmx-xpm2ps(1)
将 XPM (XPixelMap) 矩阵转换为 postscript 或 XPM

工具
gmx-分析(1)
分析数据集

gmx动态(1)
内插和外推结构旋转

gmx-过滤器(1)
频率滤波器轨迹，有助于制作流畅的电影

gmx-谎言(1)
从线性组合估计自由能

gmx-变形(1)
在构象之间线性插值

gmx-pme_错误(1)
估计在给定输入文件中使用 PME 的错误

gmx-假(1)
从直方图计算自由能或其他直方图

gmx-空间(1)
计算空间分布函数

gmx 轨迹(1)
从轨迹绘制 x、v、f、框、温度和旋转能量

gmx-tune_pme(1)
时间 mdrun 作为 PME 排名的函数以优化设置

gmx-威猛(1)
伞状采样后进行加权直方图分析

gmx-检查(1)
检查和比较文件

gmx 转储(1)
使二进制文件人类可读

gmx-make_ndx(1)
制作索引文件

gmx-mk_angndx(1)
为“gmx 角度”生成索引文件

gmx 排序(1)
根据分子与组的距离对分子进行排序

gmx-xpm2ps(1)
将 XPM (XPixelMap) 矩阵转换为 postscript 或 XPM

距离 之间 结构
gmx-集群(1)
集群结构

gmx-confirms(1)
拟合两个结构并计算 RMSD

gmx-有效值(1)
使用参考结构和 RMSD 矩阵计算 RMSD

均方根值(1)
计算原子涨落

距离 in 结构 超过 次
gmx-mindist(1)
计算两组之间的最小距离

gmx-mdmat(1)
计算残留接触图

gmx-polystat(1)
计算聚合物的静态特性

gmx-rmsdist(1)
以 -2、-3 或 -6 次幂计算平均原子对距离

质量 分配 超过 次
gmx-回转(1)
计算回转半径

GMX-MSD(1)
计算均方位移

gmx-polystat(1)
计算聚合物的静态特性

GMX-RDF(1)
计算径向分布函数

gmx-rotacf(1)
计算分子的旋转相关函数

gmx-旋转垫(1)
绘制旋转矩阵以拟合参考结构

gmx-sans(1)
计算小角度中子散射光谱

gmx-萨克斯(1)
计算小角度 X 射线散射光谱

gmx 轨迹(1)
从轨迹绘制 x、v、f、框、温度和旋转能量

gmx-万霍夫(1)
计算 Van Hove 位移和相关函数

分析 保税区 互动
gmx-角度(1)
计算角度和二面角的分布和相关性

gmx-mk_angndx(1)
为“gmx 角度”生成索引文件

结构
gmx-阿纳多克(1)
Autodock 运行的集群结构

gmx 捆绑包(1)
分析轴束，例如螺旋

gmx-集群大小(1)
计算原子簇的大小分布

gmx-迪雷(1)
分析距离限制

gmx-hbond(1)
计算和分析氢键

gmx-订单(1)
计算碳尾的每个原子的顺序参数

gmx-校长(1)
计算一组原子的惯性主轴

GMX-RDF(1)
计算径向分布函数

gmx盐br(1)
计算盐桥

gmx-东方(1)
分析溶质周围的溶剂取向

gmx-spol(1)
分析溶质周围的溶剂偶极子取向和极化

可活动
gmx酒吧(1)
通过贝内特接受率计算自由能差异估计

gmx-电流(1)
计算介电常数和电流自相关函数

gmx-dos(1)
基于此分析状态和属性的密度

gmx-染料偶联剂(1)
从轨迹中提取染料动力学

gmx-校长(1)
计算一组原子的惯性主轴

gmx-tcaf(1)
计算液体的粘度

gmx 轨迹(1)
从轨迹绘制 x、v、f、框、温度和旋转能量

gmx-万霍夫(1)
计算 Van Hove 位移和相关函数

gmx-韦拉克(1)
计算速度自相关函数

静电的
gmx-电流(1)
计算介电常数和电流自相关函数

gmx-电介质(1)
计算频率相关的介电常数

gmx-偶极子(1)
计算总偶极子加波动

gmx-电位(1)
计算整个盒子的静电势

gmx-spol(1)
分析溶质周围的溶剂偶极子取向和极化

gmx-genion(1)
在能量有利的位置生成单原子离子

蛋白质特异性 分析
gmx-do_dssp(1)
指定二级结构并计算溶剂可及表面积

gmx志(1)
计算你想知道的关于 chi 和其他二面角的一切

gmx-螺旋(1)
计算α螺旋的基本性质

gmx-螺旋定向(1)
计算螺旋内的局部俯仰/弯曲/旋转/方向

gmx-拉玛(1)
计算拉马钱德兰图

gmx-轮(1)
绘制螺旋轮

接口
gmx 捆绑包(1)
分析轴束，例如螺旋

gmx-密度(1)
计算系统的密度

gmx-密度图(1)
计算二维平面或轴向-径向密度图

gmx-密序(1)
计算表面波动

gmx-h2订单(1)
计算水分子的方向

gmx-hydrorder(1)
计算给定原子周围的四面体参数

gmx-订单(1)
计算碳尾的每个原子的顺序参数

gmx-电位(1)
计算整个盒子的静电势

协方差 分析
gmx分析(1)
分析特征向量

gmx协变(1)
计算和对角化协方差矩阵

gmx-make_edi(1)
为基本动态采样生成输入文件

正常 模式
gmx分析(1)
分析正常模式

GMX-NMEIG(1)
对角化 Hessian 以进行正常模式分析

gmx-nmtraj(1)
从特征向量生成虚拟振荡轨迹

gmx-nmens(1)
从正常模式生成结构的集合

gmx 格罗普(1)
制作运行输入文件

gmx-mdrun(1)
找到势能最小值并计算 Hessian

版权

2015年，GROMACS开发团队

使用 onworks.net 服务在线使用 gmx_d