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gmx-density - 计算系统的密度

概要

gmx 密度 [-f [<.xtc/.trr/...>][-n [<.ndx>][-s [<.tpr>]]
[-ei [<.dat>][-o [<.xvg>][-b [-e ]
[-dt [-[现在[-xvg [-d ]
[-sl [-窝点 [-ng [-[无]中心]
[-[没有]符号[-[无]亲属]

商品描述

GMX 密度 使用索引文件计算整个盒子的部分密度。

对于 NPT 模拟的总密度，使用 GMX 能源 代替。

附加选项 -中央 相对于任意点的中心执行直方图分箱
组，在绝对框坐标中。 如果您正在计算沿 Z 轴框的轮廓
维度 bZ，如果以整个系统为中心，输出将从 -bZ/2 到 bZ/2。
请注意，此行为在 GROMACS 5.0 中已更改； 早期版本仅执行了一个
(0,bZ) 中的静态分箱并移动输出。 现在我们计算每一帧的中心
和 bin in (-bZ/2,bZ/2)。

附加选项 -对称 围绕中心对称输出。 这将自动开启
-中央 也。 选项 -相对的 在相对而不是绝对框中执行分箱
坐标，并使用沿输出的平均框尺寸缩放最终输出
轴。 这可以结合使用 -中央.

密度单位为kg/m^3，数密度或电子密度也可以
计算。 对于电子密度，描述每个电子密度的文件
应使用提供原子类型 -ei. 它应该看起来像：

2
原子名 = nrelectrons
原子名 = nrelectrons

第一行包含要从文件中读取的行数。 应该有一个
系统中每个唯一原子名称的行。 每个原子的电子数为
由其原子部分电荷修饰。

双层的重要考虑因素

最常见的使用场景之一是计算各个组的密度
穿过脂质双层，通常以 z 轴为法线方向。 简称
模拟、小型系统和固定的盒子尺寸这将工作正常，但对于更多
一般情况下脂双层可能很复杂。 第一个问题，虽然两者
蛋白质和脂质的体积可压缩性低，脂质的面积相当大
可压缩性。 这意味着盒子的形状（厚度和面积/脂质）会波动
甚至对于完全放松的系统也是如此。 由于 GROMACS 将盒子放在
原点和正坐标，这反过来意味着以盒子为中心的双层
由于这些波动，您会向上/向下移动一点，并涂抹您的个人资料。 最简单的
解决这个问题的方法（如果你想要压力耦合）是使用 -中央 选择
计算相对于盒子中心的密度分布。 请注意，您可以
即使你有一个复杂的非对称系统，仍然以双层部分为中心
双层，比如说，膜蛋白——那么我们的输出就会有更多的值
（中心）原点参考的一侧。

即使是居中的计算也会导致一些输出轮廓的模糊，如
脂质本身被压缩和膨胀。 在大多数情况下，您可能想要这个（因为
它对应于宏观实验），但如果你想看分子细节
您可以使用 -相对的 尝试消除更多音量影响的选项
波动。

最后，不受表面张力影响的大双层将表现出波动
波动，系统中形成“波浪”。 这是一个基本
生物系统的特性，如果您要与实验进行比较，您可能
想要包括波动涂抹效果。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

-s [<.tpr>] （白杨.tpr）
便携式 xdr 运行输入文件

-ei [<.dat>] （电子.dat） （可选）
通用数据文件

指定输出文件的选项：

-o [<.xvg>] （密度.xvg）
xvgr/xmgr 文件

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-d （Z）
在 X、Y 或 Z 方向上取膜上的法线。

-sl (50)
将盒子分成这个数量的切片。

-窝点 （大量的）
密度：质量、数量、电荷、电子

-ng (1)
要计算密度的组数。

-[无]中心 （否）
相对于（变化）框的中心执行分箱。 对...有用
双层。

-[没有]符号 （否）
沿轴对称密度，相对于中心。 对...有用
双层。

-[无]亲属 （否）
使用相对坐标更改框并按平均尺寸缩放输出。

知 问题

· 计算电子密度时，使用原子名而不是类型。 这不好。

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