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gmx-energy - 将能量写入 xvg 文件并显示平均值

概要

gmx 能源 [-f [<.edr>][-f2 [<.edr>][-s [<.tpr>][-o [<.xvg>]]
[-暴力 [<.xvg>][-对 [<.xvg>][-奥拉 [<.xvg>]]
[-排序 [<.xvg>][-尾田 [<.xvg>][-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>][-Oten [<.xvg>][-修正 [<.xvg>]]
[-可见 [<.xvg>][-ravg [<.xvg>][-odh [<.xvg>]]
[-b [-e [-[现在[-xvg [-[不收费]
[-fetemp [-零 [-[无]总和[-[无]dp]
[-nbmin [-nbmax [-[不]mutot[-跳过 ]
[-[没有]平均[-nmol [-[否]fluct_props]
[-[无]漂移[-[无]波动[-[不]orinst[-[没有]ovec]
[-acflen [-[无]标准化[-P ]
[-fitfn [-开始适应 [-末端 ]

商品描述

GMX 能源 从能量文件中提取能量分量或距离约束数据。 这
提示用户交互地选择所需的能量项。

平均值、RMSD 和漂移是从模拟中完全精确地计算出来的（参见
印刷手册）。 漂移是通过对数据进行最小二乘拟合来计算的
直线。 报告的总漂移是第一个和最后一个拟合的差异
观点。 基于 5 个块的块平均值给出平均值的误差估计
使用全精度平均值。 错误估计可以在多个块上执行
带选项的长度 -nbmin 和 -nbmax. 备注 在大多数情况下，能量文件
包含所有 MD 步骤的平均值，或比帧数多得多的点
能量文件。 这使得 GMX 能源 统计输出比 .xvg
输出。 当能量文件中不存在精确的平均值时，提到的统计数据
以上只是单个的每帧能量值。

术语波动给出了最小二乘拟合周围的 RMSD。

如果能量项正确，则可以计算一些与波动相关的属性
被选中，并且命令行选项 -fluct_props 给出。 下列
将计算属性：

┌──────────────────────────────────┬────────────────── ──────┐
│财产 │ 所需能源条款 │
├────────────────────────────────┼──────────────── ──────┤
│热容量 C_p (NPT sims): │ 焓、温度 │
├────────────────────────────────┼──────────────── ──────┤
│热容量 C_v (NVT sims): │ Etot, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ──────┤
│热膨胀系数。 (NPT): │ 焓、体积、温度 │
├────────────────────────────────┼──────────────── ──────┤
│等温压缩率： │ Vol, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ──────┤
│绝热体积模量： │ Vol, Temp │
└──────────────────────────────────┴──────────────── ──────┘

你总是需要设置分子数 -nmol. C_p/C_v 计算做 不能
包括对量子效应的任何修正。 使用 GMX DOS 程序，如果你需要（和
你做）。

当。。。的时候 -暴力 选项被设置，时间平均违规被绘制和运行
重新计算时间平均和瞬时违规总和。 另外运行
选定对之间的时间平均和瞬时距离可以用
-对 选项。

附加选项 -奥拉, -排序, -尾田, -odr 和 -odt 用于分析定向约束数据。
前两个选项绘制方向，后三个选项绘制方向的偏差
来自实验值的方向。 以“a”结尾的选项绘制
随着时间的推移平均作为约束的函数。 以“t”结尾的选项提示
用户获取约束标签编号并将数据绘制为时间的函数。 选项 -odr
绘制作为约束函数的 RMS 偏差。 当运行使用时间或合奏时
平均定向约束，选项 -奥林斯特 可用于分析瞬时，
不是整体平均的方向和偏差，而不是时间和整体
平均。

附加选项 -Oten 绘制每个方向的分子顺序张量的特征值
约束实验。 带选项 -奥维克 还绘制了特征向量。

附加选项 -odh 提取并绘制自由能数据（Hamiltoian 差异和/或
哈密​​顿导数 dhdl) 从 能源.edr 文件中。

-费用 计算与理想气体的自由能差异的估计值
状态：

Delta A = A(N,V,T) - A_idealgas(N,V,T) = kT ln( )
Delta G = G(N,p,T) - G_idealgas(N,p,T) = kT ln( )

其中 k 是玻尔兹曼常数，T 由下式设置 -fetemp 并且平均值超过了整体
（或轨迹中的时间）。 请注意，这原则上仅在求平均值时才正确
在整个（玻尔兹曼）系综中使用势能。 这也允许
熵估计使用：

Delta S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_idealgas(N,V,T) = ( - Delta A)/T
Delta S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_idealgas(N,p,T) = ( + pV - Delta G)/T

当指定第二个能量文件时（-f2)，计算自由能差：

dF = -kT ln( _一种） ，

其中 E_A 和 E_B 是来自第一和第二能量文件的能量，平均
在集合 A 上。自由能差的运行平均值被打印到一个
指定的文件 -ravg. 备注 能量必须从相同的
弹道。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.edr>] (能源.edr)
能源档案

-f2 [<.edr>] (能源.edr) （可选）
能源档案

-s [<.tpr>] （白杨.tpr） （可选）
便携式 xdr 运行输入文件

指定输出文件的选项：

-o [<.xvg>] （能源.xvg）
xvgr/xmgr 文件

-暴力 [<.xvg>] （中提琴.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-对 [<.xvg>] （对.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-奥拉 [<.xvg>] （东方.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-排序 [<.xvg>] （东方.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-尾田 [<.xvg>] (orideva.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-odr [<.xvg>] （oridevr.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-odt [<.xvg>] （oridevt.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-Oten [<.xvg>] (oriten.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-修正 [<.xvg>] (enecorr.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-可见 [<.xvg>] （粘胶.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-odh [<.xvg>] (dhdl.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-[不收费 （否）
做一个自由能估计

-fetemp (300)
自由能计算的参考温度

-零 (0)
减去零点能量

-[无]总和 （否）
对选定的能量项求和而不是全部显示

-[无]dp （否）
高精度打印能量

-nbmin (5)
误差估计的最小块数

-nbmax (5)
错误估计的最大块数

-[不]mutot （否）
从组件计算总偶极矩

-跳过 (0)
跳过数据点之间的帧数

-[没有]平均 （否）
还打印存储在能量帧中的精确平均值和 rmsd（仅当 1 项
被要求）

-nmol (1)
样品中的分子数：能量除以这个数

-[否]fluct_props （否）
根据能量波动计算属性，如热容

-[无]漂移 （否）
仅用于计算波动属性。 中的漂移
在计算波动属性之前，将减去可观察值。

-[无]波动 （否）
计算能量波动的自相关而不是能量本身

-[不]orinst （否）
分析瞬时方向数据

-[没有]ovec （否）
还绘制特征向量 -Oten

-acflen （-1）
ACF的长度，默认为帧数的一半

-[无]标准化 （是）
标准化 ACF

-P (0)
ACF 的勒让德多项式的阶数（0 表示无）：0、1、2、3

-fitfn （无）
拟合函数：none、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9

-开始适应 (0)
相关函数的指数拟合开始时间

-末端 （-1）
结束相关函数指数拟合的时间，-1 是直到
结束

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