这是 gmx-lie 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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gmx-lie - 从线性组合估计自由能
概要
gmx 谎言 [-f [<.edr>][-o [<.xvg>][-b [-e [-dt ]
[-[现在[-xvg [-埃利 [-Eq ]
[-Cj [-Cqq [-配体 ]
商品描述
GMX 谎言 根据非键合的能量分析计算自由能估计
能量。 需要一个包含以下组件的能量文件： Coul-(AB) LJ-SR (AB)
等等
以利用 谎言 正确地，需要两个模拟：一个是分子
兴趣与其受体结合，而另一分子则与水中的分子结合。 两者都需要利用
能量组 从而将 Coul-SR(AB)、LJ-SR(AB) 等项写入 .edr 文件中。
来自水分子模拟的值对于提供合适的值是必要的
对于 -Elj 和 -Eqq。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.edr>] (能源.edr)
能源档案
指定输出文件的选项：
-o [<.xvg>] （谎言.xvg）
xvgr/xmgr 文件
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无
-埃利 (0)
配体和溶剂之间的Lennard-Jones相互作用
-Eq (0)
配体与溶剂之间的库仑相互作用
-Cj (0.181)
能量的 Lennard-Jones 分量的 LIE 方程中的因子
-Cqq (0.5)
能量库仑分量的 LIE 方程中的因子
-配体 （无）
能量文件中的配体名称
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-lie
