这是 gmx-sham 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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gmx-sham - 从直方图中计算自由能或其他直方图
概要
gmx 假 [-f [<.xvg>][-ge [<.xvg>][烯 [<.xvg>][-距离 [<.xvg>]]
[-组织 [<.xvg>][-垃圾桶 [<.ndx>][-lp [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>][-lsh [<.xpm>][-LSS [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>][-g [<.log>][-[现在[-xvg ]
[-[没时间[-b [-e [-ttol ]
[-n [-[点头[-[不]假的[-tsham ]
[-pmin [-暗淡 [-ngrid ]
[-xmin [-xmax [-pmax ]
[-gmax [-艾敏 [-emax ]
[-n级别 ]
商品描述
GMX 假 制作多维自由能、焓和熵图。 GMX 假 读
一个或多个 .xvg 文件和分析数据集。 的基本目的 GMX 假 是绘制
吉布斯自由能景观（选项 -ls) 由玻尔兹曼反转多维
直方图（选项 -lp），但它也可以使焓（选项 -lsh）和熵（选项
-LSS) 情节。 可以为用户提供的任何数量制作直方图。 一条线
输入文件可能以一个时间开始（见选项 -时间) 和任意数量的 y- 值可能
跟随。 多组也可以用&分隔时读取（选项 -n)，在这个
案例只有一个 y-value 从每一行读取。 所有以 # 和 @ 开头的行都是
跳过。
附加选项 -ge 当系综不是一个
玻尔兹曼系综，但需要受到这种自由能的影响。 一个自由能值为
中每个（多维）数据点所需的 -f 输入。
附加选项 烯 可用于为文件提供能量。 这些能量被用作
Kumar 等人的单一直方图分析方法中的加权函数。 什么时候
提供温度（作为文件中的第二列），一个实验加权
方案被应用。 此外，这些值用于制作焓和熵图。
使用选项 -暗淡，可以给出距离的尺寸。 当距离为 2- 或
3维，由两个粒子采样的周长或表面随着
增加距离。 根据想要显示的内容，可以选择更正
这种体积效应的直方图和自由能。 概率由 r 归一化
和 r^2 分别用于 2 和 3 的维度。 -1 的值用于表示
两个向量之间的角度（以度为单位）：将应用 sin(angle) 归一化。 备注
对于向量之间的角度，内积或余弦是自然量
使用，因为它会产生相同体积的垃圾箱。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xvg>] （图.xvg）
xvgr/xmgr 文件
-ge [<.xvg>] （吉布斯.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件
烯 [<.xvg>] (esham.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件
指定输出文件的选项：
-距离 [<.xvg>] （能源.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件
-组织 [<.xvg>] (编辑.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件
-垃圾桶 [<.ndx>] （bindex.ndx） （可选）
索引文件
-lp [<.xpm>] （问题.xpm） （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件
-ls [<.xpm>] （吉布斯.xpm） （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件
-lsh [<.xpm>] (焓.xpm) （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件
-LSS [<.xpm>] （熵.xpm） （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件
-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) （可选）
蛋白质数据库文件
-g [<.log>] （shamlog.log） （可选）
日志文件
其他选项：
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无
-[没时间 （是）
期望输入中的时间
-b （-1）
第一次从集合中读取
-e （-1）
最后一次从集合中读取
-ttol (0)
以适当单位表示的时间公差（通常为 ps）
-n (1)
读取由仅包含与号的行分隔的此数量的集合
-[点头 （否）
使用导数
-[不]假的 （是）
即使给定了能量，也要关闭能量加权
-tsham (298.15)
单一直方图分析的温度
-pmin (0)
最小概率。 低于此值的任何值都将设置为零
-暗淡 (1 1 1)
距离尺寸，用于体积校正（最多 3 个值，尺寸 > 3
将获得与上一个相同的值）
-ngrid （32 32 32）
能源景观的箱数（最多 3 个值，维度 > 3 将获得
与上一个相同的值）
-xmin (0 0 0)
能源景观中轴的最小值（参见上文 > 3 个维度）
-xmax (1 1 1)
能源景观中轴的最大值（参见上文 > 3 个维度）
-pmax (0)
输出中的最大概率，默认为计算
-gmax (0)
输出中的最大自由能，默认为计算
-艾敏 (0)
输出中的最小焓，默认为计算
-emax (0)
输出中的最大焓，默认为计算
-n级别 (25)
能源景观的级别数
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-sham
