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go2fmt、go2obo_xml、go2owl、go2rdf_xml、go2obo_text - 转换工具及其包装器

概要

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml 本体/*.ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml 本体/gene_ontology.obo

商品描述

解析任何 GO/OBO 风格的本体文件并以不同的格式写出

争论
-e 错误文件

在 XML 中写入解析错误 - 默认为 STDERR（井中应该没有解析错误
形成的文件）

-p FORMAT

确定使用哪个解析器； 如果未指定，将根据文件进行猜测
后缀。 请参阅下面的格式

-w|作家 FORMAT

输出格式 - 请参阅下面的列表

-|xslt XSLT

XSLT 转换的名称或文件名

这可以是文件系统上任何位置的文件的绝对路径，也可以只是
是 xslt 的名称； 例如

go2fmt.pl -xsltoboxml_to_owl go.obo

如果指定了名称，则首先搜索 $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl； 如果
GO_ROOT 没有设置，那么将搜索安装 GO 的 perl 模块目录（
如果您按照正常的安装过程，xslts 将自动安装在这里）

-使用缓存
如果指定了此开关，则会打开缓存模式。

使用缓存模式，第一次解析文件时，将附加一个文件
以一种可以快速解析的特殊格式导出。 此文件将具有相同的文件名
作为原始文件，除了它将具有“.cache”后缀。

下次解析文件时，该程序会自动检查是否存在
“.cache”文件。 如果它存在，并且比你指定的文件更新，这个
而是被解析。 如果它不存在，则重建它。

这将为 b 带来速度提升下面的输出格式（例如
路径列表）。 大多数输出​​格式都使用基于事件的解析，因此缓存对象会带来
没有任何好处，实际上会比绕过缓存慢

FORMATS
可写格式是

继续
带有后缀“.ontology”的文件

这些存储本体 DAG

去定义
带有后缀“.defs”的文件

外部参照
GO 术语的外部数据库参考

带有“2go”后缀的文件（例如 ec2go、metacyc2go）

go_assoc
使用 GO 注释基因或基因产物

带有前缀“基因关联”的文件。

奥博文本
带有后缀“.obo”的文件

这是现有 GO 平面文件格式的新文件格式替换。 它
处理本体、定义和外部参照（但不处理关联）

奥博XML
带有“.obo.xml”或“.obo-xml”后缀的文件

这是上面的 OBO 平面文件格式的 XML 版本

序言
prolog 事实 - 您需要一个 prolog 编译器/解释器来使用这些。 你可以
使用 Obol 或即将推出的 Bio-LP 项目对这些事实进行推理

tbl 简单（有损）表格表示

摘要
可用于本体文件和关联文件

路径列表
显示到根的所有路径

owl OWL 格式（默认：OWL-DL）

OWL 是 W3C 本体的标准格式

您将需要完整的 go-dev 发行版中的 XSL 文件来运行它； 见 XML
部分http://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
GO::Model::Graph 对象的 YAML 表示

对象存储
perl GO::Model::Graph 对象的转储。 为此，您需要从 CPAN 存储
工作。 这是为了在文件系统上缓存对象，以便快速访问。 这
obj_storable 表示可能不可移植

文本_html
一种 html 化的 OBO 输出格式

godb_预存储
直接映射到 GODB 关系模式的 XML（然后可以使用
雄鹿-storenode.pl)

chadodb_预存储
直接映射到 Chado 关系模式的 XML（然后可以使用
雄鹿-storenode.pl)

文档
<http://www.godatabase.org/dev>

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