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gt-cds - 将 CDS（编码序列）特征添加到 GFF3 文件中给出的外显子特征。

概要

gt CDS [选项...] [GFF3_file]

商品描述

-小弗伦 [折扣值]
设置必须作为 CDS 添加的开放阅读框 (ORF) 的最小长度
特征（以氨基酸为单位）（默认值：64）

-起始密码子 [是|否]
要求 ORF 必须以起始密码子开头（默认值：否）

-最终终止密码子 [是|否]
要求最终的 ORF 必须以终止密码子结尾（默认：否）

-seq文件 [文件名]
设置从中获取序列的序列文件（默认值：未定义）

-encseq [文件名]
设置从中获取序列的编码序列索引名（默认值：
不明确的）

-seq文件
设置从中提取特征使用的序列文件 -- 终止列表
序列文件

-matchdesc [是|否]
从输入文件的序列描述中搜索所需的序列 ID（在
GFF3)，报告第一场比赛（默认：无）

-matchdesc开始 [是|否]
与所需序列的输入文件中的序列描述完全匹配
从开头到第一个空格的 ID（在 GFF3 中）（默认值：无）

-usedesc [是|否]
使用序列描述将序列 ID（在 GFF3 中）映射到实际序列
条目。 如果描述包含序列范围（例如，III:1000001..2000000），则
第一部分用作序列 ID (III) 和第一个范围位置作为偏移量
(1000001)（默认值：否）

-区域映射 [绳子]
将包含序列区域的文件设置为序列文件映射（默认值：未定义）

-v [是|否]
详细（默认：否）

-o [文件名]
将输出重定向到指定文件（默认值：未定义）

-gzip [是|否]
写入 gzip 压缩输出文件（默认：无）

-bzip2 [是|否]
写入 bzip2 压缩输出文件（默认：无）

-力 [是|否]
强制写入输出文件（默认值：否）

-救命
显示帮助并退出

-版
显示版本信息并退出

选项的文件格式 -区域映射:

提供给选项 -regionmapping 的文件定义了“映射”。 映射映射
中给出的序列区域条目 GFF3_文件 到一个包含
对应的顺序。 映射可以定义为以下两种形式之一：

映射 = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

函数映射（sequence_region）
返回“hs_ref_”..sequence_region..“.fa.gz”
结束

第一种形式定义了一个 Lua (http://www.lua.org) 名为“mapping”的表，它映射每个
序列区域到相应的序列文件。 第二个定义了一个Lua函数
“mapping”，当它被调用时必须返回序列文件名
sequence_region 作为参数。

REPORTING BUGS

将错误报告给[电子邮件保护]>.

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