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gt-extractseq - 从给定的序列文件或 fastaindex 中提取序列。

概要

gt 提取序列 [选项...] [sequence_file(s)] | 快速索引

商品描述

-frompos [折扣值]
从此位置提取序列从 1 开始计数（默认值：0）

-拓扑 [折扣值]
从 1 开始提取到此位置的序列（默认值：0）

-比赛 [绳子]
提取描述与给定模式匹配的所有序列。 给定的模式
必须是有效的扩展正则表达式。 （默认：未定义）

键 [文件名]
为指定文件中的键提取子字符串（默认值：未定义）

-宽度 [折扣值]
设置 FASTA 序列打印的输出宽度（0 禁用格式化）（默认值：0）

-o [文件名]
将输出重定向到指定文件（默认值：未定义）

-gzip [是|否]
写入 gzip 压缩输出文件（默认：无）

-bzip2 [是|否]
写入 bzip2 压缩输出文件（默认：无）

-力 [是|否]
强制写入输出文件（默认值：否）

-救命
显示帮助并退出

-版
显示版本信息并退出

选项 -keys 允许从给定序列中提取子字符串或序列
文件或来自 fasta 索引。 要提取的子字符串在密钥文件中指定
作为此选项的参数给出。 密钥文件必须包含以下形式的行

k

or

基杰

其中 k 是一个字符串（键），可选的 i 和 j 是正整数，使得
i⇐j。 k 是键和可选数字 i 和 j 指定的第一个位置
substring 和要提取的子串的最后位置。 这些职位是
从 1 开始计数。如果 k 与第一个和第二个之间的字符串相同
符号的出现| 在 fasta 标头中，然后是 fasta 标头和相应的
序列输出。 例如在 fasta 标题中

>tr|A0AQI4|A0AQI4_9ARCH 假定的氨单加氧酶（片段）

fasta 键是 A0AQI4。 如果同时指定了 i 和 j，则对应的子串
以fasta格式显示。 在后一种情况下，fasta 格式序列的头在
输出开始于

> kij

其次是原始的原始 fasta 标头。

如果序列输入是 fasta 文件，则以下内容成立：

· 输入文件中的重复行导致输出中只有一个序列

· 序列按照原始序列文件中的顺序输出

· 输出的格式可以由选项控制 -宽度, -o, -gzip及
-bzip2

如果序列输入来自 fasta 索引（见下文），则以下内容成立：

· 选项 -宽度 是必须的

· 选项 -o, -gzip 和 -bzip2 不工作

· 序列按照对应的密钥出现在密钥文件中的顺序输出

如果参数列表的末尾只包含一个文件名，比如 fastaindex，那么它是
检查是否有文件 fastaindex.kys。 这构成了 fasta 索引的一部分，即
通过调用 suffixerator 工具构造如下：

gt 后缀符 -protein -ssp -tis -des -sds -kys -indexname fastaindex \
-db 输入文件1 [输入文件2 ..]

这将读取提供给选项的蛋白质序列文件 -D b 并创建几个文件：

· 表示序列的文件 fastaindex.esq。

· 文件 fastaindex.ssp 指定序列分隔符位置。

· 一个文件 fastaindex.des 逐行显示 fasta 标题。

· 文件 fastaindex.sds 给出序列头分隔符位置。

· 一个包含 fasta 文件中的键的文件 fastaindex.kys。

要使后缀命令起作用，形式为 |key| 的键在 fasta 标题中必须
满足以下约束：

· 它们的长度必须相同，不长于 128，且不短于 1

· 它们必须按字典顺序出现

REPORTING BUGS

将错误报告给[电子邮件保护]>.

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