这是 gt-fingerprint 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
您的姓名
gt-fingerprint - 为一组序列中给定的每个序列计算 MD5 指纹
文件。
概要
gt 指纹 [选项...] sequence_file [...]
商品描述
-检查 [文件名]
将给定清单文件中包含的所有指纹与给定的校验和进行比较
序列文件。 比较成功,如果所有指纹都在
checkfile 可以在 sequence_file(s) 中以完全相同的数量找到,反之亦然
反之。 (默认:未定义)
-重复 [是|否]
显示来自给定序列文件的重复指纹。 (默认:否)
-提炼 [绳子]
从序列文件中提取具有给定指纹的序列并显示它们
在标准输出上。 (默认:未定义)
-宽度 [折扣值]
设置 FASTA 序列打印的输出宽度(0 禁用格式化)(默认值:0)
-o [文件名]
将输出重定向到指定文件(默认值:未定义)
-gzip [是|否]
写入 gzip 压缩输出文件(默认:无)
-bzip2 [是|否]
写入 bzip2 压缩输出文件(默认:无)
-力 [是|否]
强制写入输出文件(默认值:否)
-救命
显示帮助并退出
-版
显示版本信息并退出
如果这两个选项都没有 -检查 也没有选择 -重复 使用,指纹为所有人
序列显示在标准输出上。
序列的指纹不区分大小写。 因此两个相同的MD5指纹
即使是软掩码,序列也是相同的。
示例
计算(统一)指纹列表:
$ gt指纹U89959_ests.fas | 排序 | uniq > U89959_ests.checklist_uniq
比较指纹:
$ gt 指纹-检查 U89959_ests.checklist_uniq U89959_ests.fas
950b7715ab6cc030a8c810a0dba2dd33 only in sequence_file(s)
确保序列文件不包含重复项(这里不是这种情况):
$ gt 指纹 -duplicates U89959_ests.fas
950b7715ab6cc030a8c810a0dba2dd33 2
gt 指纹:错误:发现重复项:1 个中的 200 个(0.500%)
提取具有给定指纹的序列:
$ gt fingerprint -extract 6d3b4b9db4531cda588528f2c69c0a57 U89959_ests.fas
>SQ;8720010
TTTTTTTTTTTTTTTTTCTGACAAAACCCCAAGACTCAATTTAATCAATCCTCAAATTTACATGATAC
CAACGTAATGGGAGCTTAAAATA公司
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· 0 一切顺利(-检查:比较成功; -重复:没有
发现重复)
· 1 发生错误 (-检查: 比较不成功; -重复:
发现重复)
REPORTING BUGS
将错误报告给[email protected]>.
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