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gt-fingerprint - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 gt-fingerprint

这是 gt-fingerprint 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


gt-fingerprint - 为一组序列中给定的每个序列计算 MD5 指纹
文件。

概要


gt 指纹 [选项...] sequence_file [...]

商品描述


-检查 [文件名]
将给定清单文件中包含的所有指纹与给定的校验和进行比较
序列文件。 比较成功,如果所有指纹都在
checkfile 可以在 sequence_file(s) 中以完全相同的数量找到,反之亦然
反之。 (默认:未定义)

-重复 [是|否]
显示来自给定序列文件的重复指纹。 (默认:否)

-提炼 [绳子]
从序列文件中提取具有给定指纹的序列并显示它们
在标准输出上。 (默认:未定义)

-宽度 [折扣值]
设置 FASTA 序列打印的输出宽度(0 禁用格式化)(默认值:0)

-o [文件名]
将输出重定向到指定文件(默认值:未定义)

-gzip [是|否]
写入 gzip 压缩输出文件(默认:无)

-bzip2 [是|否]
写入 bzip2 压缩输出文件(默认:无)

-力 [是|否]
强制写入输出文件(默认值:否)

-救命
显示帮助并退出

-版
显示版本信息并退出

如果这两个选项都没有 -检查 也没有选择 -重复 使用,指纹为所有人
序列显示在标准输出上。

序列的指纹不区分大小写。 因此两个相同的MD5指纹
即使是软掩码,序列也是相同的。

示例


计算(统一)指纹列表:

$ gt指纹U89959_ests.fas | 排序 | uniq > U89959_ests.checklist_uniq

比较指纹:

$ gt 指纹-检查 U89959_ests.checklist_uniq U89959_ests.fas
950b7715ab6cc030a8c810a0dba2dd33 only in sequence_file(s)

确保序列文件不包含重复项(这里不是这种情况):

$ gt 指纹 -duplicates U89959_ests.fas
950b7715ab6cc030a8c810a0dba2dd33 2
gt 指纹:错误:发现重复项:1 个中的 200 个(0.500%)

提取具有给定指纹的序列:

$ gt fingerprint -extract 6d3b4b9db4531cda588528f2c69c0a57 U89959_ests.fas
>SQ;8720010
TTTTTTTTTTTTTTTTTCTGACAAAACCCCAAGACTCAATTTAATCAATCCTCAAATTTACATGATAC
CAACGTAATGGGAGCTTAAAATA公司

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· 0 一切顺利(-检查:比较成功; -重复:没有
发现重复)

· 1 发生错误 (-检查: 比较不成功; -重复:
发现重复)

REPORTING BUGS


将错误报告给[email protected]>.

使用 onworks.net 服务在线使用 gt-fingerprint


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