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gt-hop - 基于同源序列的均聚物纠错。

概要

gt 跳 —— -C -地图- 阅读[选项...]

商品描述

-c [绳子]
同源序列（使用 gt encseq 编码）

地图 [绳子]
读取到同源序列的映射，它必须是 SAM/BAM 格式，并按以下顺序排序
坐标（可以准备，例如使用：samtools sort）

-山姆 [是|否]
映射文件是 SAM 默认值：BAM

-挑衅的 [是|否]
尽可能正确

-缓和 [是|否]
介于灵敏度和精度之间

-保守的 [是|否]
只纠正最可能的错误

-专家 [是|否]
手动选择校正标准

- 阅读
FastQ 格式的未更正读取文件； 校正后的读数输出在
命名为输入文件的文件中的当前工作目录，每个文件都在前面
通过前缀（参见 -outprefix 选项） -reads 允许以相同的方式输出读取
与输入中的顺序相同，如果 SAM 包含一个以上的主节点，则该顺序是强制性的
每次读取的对齐（例如 bwasw 的输出）另见 -o 选项作为替代

-外加前缀 [绳子]
输出文件名的前缀（更正的读取）当指定 -reads 时，前缀是
前置到每个输入文件名（默认：hop_）

-o [绳子]
更正读取的输出文件（另请参阅 -reads/-outprefix）如果使用 -o，则读取是
按照它们在 SAM 文件中找到的顺序在单个文件中输出（通常
与原始顺序不同）这仅在读取与
每次读取仅包含 1 个对齐的软件（例如 bwa）（默认值：未定义）

-hmin [折扣值]
同源序列中的最小均聚物长度（默认值：3）

-读-hmin [折扣值]
读取中的最小均聚物长度（默认值：2）

-qmax [折扣值]
读取中均聚物的最大平均质量（默认值：120）

-altmax [折扣值]
最大支持替代homopol。 长度; 例如 0.8 表示：不纠正任何读取，如果
呵呵。 超过 80%% 的读取长度具有相同的值，不同于
同源如果 altmax 设置为 1.0 读取总是更正（默认值：0.800000）

-认知 [折扣值]
最小支持同源序列homopol。 长度; 例如 0.1 表示：不纠正任何
读如果同源同音。 如果 cogmin，至少 10%% 的读取中不存在长度
设置为 0.0 读取总是被纠正

-mapqmin [折扣值]
最低映射质量（默认值：21）

-covmin [折扣值]
最低限度的覆盖； 例如 5 表示：如果覆盖范围（阅读次数
映射在整个均聚物上）小于 5 如果 covmin 设置为 1 读取总是
更正（默认值：1）

-allow-multiple [是|否]
允许在一次读取中进行多次更正（默认值：否）

-clenmax [折扣值]
最大校正长度默认值：无限制

-安 [绳子]
同源序列的注解，必须按同源序列上的坐标排序
序列（这可以例如使用：gt gff3 -sort 完成）如果使用 -ann，则更正
将仅限于均聚物开始或结束在由
-ft 选项格式：已排序的 GFF3（默认值：未定义）

英尺 [绳子]
指定 -ann 选项时使用的功能类型（默认值：CDS）

-v [是|否]
详细（默认：否）

-救命
显示基本选项的帮助并退出

-帮助+
显示所有选项的帮助并退出

-版
显示版本信息并退出

校正模式：

选项之一 -挑衅的, -缓和, -保守的 or -专家 必须选择。

这个 -挑衅的, -缓和 和 -保守的 模式是预设的标准
如果观察到的同源序列和 a 之间的均聚物长度差异
阅读应更正与否。 通过使用提供单个标准的描述
这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 -帮助+' 选项。 预设相当于以下设置：

-积极的 -温和的 -保守的
-hmin 3 3 3
-读-hmin 1 1 2
- altmax 1.00 0.99 0.80
-参考最小值 0.00 0.00 0.10
-mapqmin 0 10 21
-covmin 1 1 1
-clenmax 无限制 无限制
-allow-multiple 是 是 否

激进模式尝试最大化灵敏度，保守模式最小化
误报。 可以使用更保守的一组更正
这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 -安 选项（见 -帮助+).

这个 -专家 模式允许手动设置每个参数； 默认值是
和在 -保守的 模式。

（最后，仅用于评估目的， - 真相 可以使用的模式：这种模式
假设测序的基因组已被指定为同源序列并输出一个
理想的修正清单。）

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