这是 gt-ltrharvest 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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gt-ltrharvest - 预测 LTR 逆转录转座子。
概要
gt 收获 [选项...] -index
商品描述
-指数 [绳子]
指定增强后缀数组索引的名称（强制）（默认值：未定义）
-范围 [开始 结束]
指定在其中搜索 LTR 对的输入序列中的范围（默认：
[0..0])
-种子 [折扣值]
指定精确重复的最小种子长度（默认值：30）
-minlenltr [折扣值]
指定每个 LTR 的最小长度（默认值：100）
-maxlenltr [折扣值]
指定每个 LTR 的最大长度（默认值：1000）
-mindistr [折扣值]
指定 LTR 起始位置的最小距离（默认值：1000）
-maxdisltr [折扣值]
指定 LTR 起始位置的最大距离（默认值：15000）
-类似 [折扣值]
在 [1..100%] 范围内指定相似度阈值（默认值：85.000000）
-mintsd [折扣值]
指定每个 TSD 的最小长度（默认值：4）
-maxtsd [折扣值]
指定每个 TSD 的最大长度（默认值：20）
-主题 [绳子]
指定 2 个核苷酸的 startmotif + 2 个核苷酸的 endmotif： **（默认值：未定义）
-主题 [折扣值]
指定motif [0,3] 中的最大不匹配数（默认值：4）
-维克 [折扣值]
指定将被搜索的核苷酸数量（向左和向右）
预测 LTR 逆转录转座子 5' 和 3' 边界附近的 TSD 和/或基序
（默认：60）
-重叠 [...]
指定 no|best|all（默认值：best）
-xdrop [折扣值]
为扩展对齐指定 xdropbelowscore（默认值：5）
-垫 [折扣值]
为扩展对齐指定匹配分数（默认值：2）
-错误 [折扣值]
为扩展对齐指定 mismatchscore（默认值：-2）
-ins [折扣值]
指定扩展对齐的插入分数（默认值：-3）
-的 [折扣值]
为扩展对齐指定删除分数（默认值：-3）
-v [是|否]
详细模式（默认：否）
-关于 [是|否]
显示 旧 标准输出上的表格输出而不是 GFF3（默认值：是）
-seqids [是|否]
在 GFF3 输出中使用序列描述而不是序列号（默认：否）
-MD5 [是|否]
将 MD5 哈希添加到 GFF3 输出中的 seqid（默认值：否）
-长输出 [是|否]
额外的motif/TSD输出（默认：无）
退房手续 [绳子]
指定 FASTA 输出文件名（默认值：未定义）
-外部 [绳子]
为内部区域指定 FASTA 输出文件名（默认值：未定义）
-gff3 [绳子]
指定 GFF3 输出文件名（默认值：未定义）
-抵消 [折扣值]
添加到 GFF3 坐标的偏移量（默认值：0）
-扫描 [是|否]
顺序扫描索引而不是将其完全映射到内存中（默认：是）
-救命
显示基本选项的帮助并退出
-帮助+
显示所有选项的帮助并退出
-版
显示版本信息并退出
附加 相关信息
详细信息请参考 ltrharvest 的手册。
REPORTING BUGS
将错误报告给[电子邮件保护]>.
使用 onworks.net 服务在线使用 gt-ltrharvest
