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GWAMA - 全基因组关联元分析

概要

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商品描述

GWAMA（全基因组关联元分析）软件对
二元或定量表型的 GWA 研究结果。 固定效应和随机效应
使用估计值对直接基因分型和推算的 SNP 进行荟萃分析
二元性状的等位基因优势比和 95% 置信区间的估计值，以及
定量表型的等位基因效应大小和标准误差。 可以使用GWAMA
用于分析所有不同遗传模型（乘法、加法、
显性，隐性）。 该软件结合了错误捕获工具来识别
链对齐错误和等位基因翻转，并执行异质性测试
研究之间的影响。

配置

-i, --文件列表=文件名
指定研究的结果文件。 默认值 = gwama.in

-o, - 输出=文件根
为分析输出指定文件根。 默认值 = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)

-r, - 随机的
使用随机效应校正。 默认 = 禁用

-GC, --基因组控制
使用基因组控制来调整研究的结果文件。 默认 = 禁用

-gco, --基因组控制输出
在荟萃分析总结中使用基因组控制（即荟萃分析的结果是
更正了 gc）。 默认 = 禁用

-qt, --定量
选择数量性状版本（BETA 和 SE 列）。 默认值 = 二元特征

-m, - 地图=文件名
选择标记图的文件名。

-t, - 临界点=0-1
用于在汇总效果方向中显示方向的 p 值阈值。 默认 =
1

--no_等位基因
没有给出等位基因信息。 期待始终相同的 EA。

--indel_等位基因
等位基因标签可能包含多个字母。 没有链检查。

- 性别 运行性别差异和性别异质性分析（方法见
论文 Magi、Lindgren 和 Morris 2010）。 文件列表文件中必须提供性别信息。
（文件名后的第二列是 M 或 F）。

--名称标记
标记名称 col 的替代标头。

--name_strand
链列的替代标题。

--name_n
样本大小列的替代标题。

--名称_ea
影响等位基因列的替代标题。

--name_nea
非效应等位基因列的替代标题。

--name_eaf
影响等位基因频率列的替代标题。

--name_beta
beta 列的替代标题。

--名称_se
std 的替代标头。 呃。 上校

--名称或
OR 列的替代标题。

--name_or_95l
OR 95L 列的替代标题。

--name_or_95u
OR 95U 列的替代标题。

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-v, - 版
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