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hhmake - 从输入对齐构建 HMM 或在 HMMER 格式和 HHsearch 之间转换
格式

概要

呵呵 -i 文件 [选项]

商品描述

HHmake 2.0.16 版（2013 年 2 月）根据 A3M、AXNUMXM 或
FASTA 格式，或在 HMMER 格式 (.hmm) 和 HHsearch 格式 (.hhm) 之间转换。 雷默特
M、Biegert A、Hauser A 和 Soding J. HHblits：闪电般的迭代蛋白质序列
通过 HMM-HMM 对齐搜索。 纳特。 方法 9:173-175 (2011)。 (C) 约翰内斯·索丁，
迈克尔·雷默特、安德烈亚斯·比格特、安德烈亚斯·豪瑟

-i
查询对齐（A2M、A3M 或 FASTA），或查询 HMM

输出 opţiuni:
-o
要写入的 HMM 文件（默认 = )

-a
要附加到的 HMM 文件

-v
详细模式：0：无屏幕输出 1：仅警告 2：详细

-seq
最大限度。 显示的查询/模板序列的数量 (def=10) 当心溢出！ 全部
这些序列存储在内存中。

-缺点 制作查询MSA的共有序列主序列

-芋头
将此名称用于 HMM（默认：使用第一个序列的名称）

过滤查询多序列比对

-ID [0,100] 最大成对序列同一性 (%) (def=90)

-差异 [0,信息[
通过选择最多样化的序列集来过滤 MSA，至少保留这么多
每个长度为 50 的 MSA 块中的 seqs (def=100)

-冠状病毒 [0,100] 查询的最小覆盖率 (%) (def=0)

-qid [0,100] 与查询的最小序列同一性 (%) (def=0)

-qsc [0,100] 每列查询的最低分数 (def=-20.0)

-内夫 [1，无限]
对齐的目标多样性（默认值=关闭）

输入 对准 格式：
-M a2m 使用 A2M/A3M（默认）：大写 = 匹配； 小写 = 插入； '-' = 删除； '.' =
与插入物对齐的间隙（可以省略）

-M 第一
使用 FASTA：第一个序列中有残基的列是匹配状态

-M [0,100]
使用 FASTA：间隔小于 X% 的列是匹配状态

伪计数 （件） opţiuni:
-PCM pc 混合物 'tau' 的 0-2 位置依赖性（pc 模式，默认值 = 0）

0：没有伪计数：
头 = 0

1：常数
头 = a

2：多样性依赖：tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: 数量
列 i) 周围的本地 MSA 中的有效序列 3：恒定多样性伪计数

-PCA [0,1] 整体伪计数混合物 (def=1.0)

-PCB [1,inf[ Neff 阈值对于 -PCM 2 (定义=1.5)

-PCC [0,3] 消光指数 c 为 -PCM 2 (定义=1.0)

-pre_pca [0,1]
PREFILTER 伪计数混合物 (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ Neff 的 PREFILTER 阈值 (def=1.8)

特定于上下文 伪计数：
-nocontxt
使用替换矩阵而不是上下文特定的伪计数

-上下文 用于计算特定于上下文的伪计数的上下文文件
(默认=./data/context_data.lib)

-cslib
用于快速数据库预过滤的列状态文件（默认值=./data/cs219.lib）

示例：hhmake -i 测试.a3m

使用 onworks.net 服务在线使用 hhmake