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HMMER——轮廓隐马尔可夫模型软件

概要

嗯2对齐
将多个序列与配置文件 HMM 对齐。

嗯2构建
从给定的多序列比对构建配置文件 HMM。

hmm2校准
先确定一个轮廓 HMM 的适当统计显着性参数
进行数据库搜索。

嗯2转换
将 HMMER 配置文件 HMM 转换为其他格式，例如 GCG 配置文件。

嗯2发射
从配置文件 HMM 概率地生成序列。

嗯2fetch
从 HMM 数据库中检索 HMM

hmm2索引
为 HMM 数据库创建二进制 SSI 索引

嗯2pfam
用序列搜索一个配置文件 HMM 数据库（即，注释各种类型的
查询序列中的域）。

嗯2搜索
使用配置文件 HMM 搜索序列数据库（即，找到
模范家庭）。

商品描述

这些程序使用配置文件隐马尔可夫模型（配置文件 HMM）对主要
蛋白质或核酸序列家族的结构共有。

配置

全部 悍马 程序会简要总结其命令行语法和选项，如果
不带任何参数调用。 当使用单个参数调用时， -h （即帮助），一个
程序会报告更详细的命令行使用信息，包括很少使用的，
实验和专家选项。 -h 将报告有用的版本号，如果你
需要向我报告错误或问题。

每 悍马 程序有自己的手册页，简要总结了命令行的用法。 有
也是随软件分发提供的用户指南，其中包括一个教程
程序的介绍和更详细的描述。

参见 http://hmmer.janelia.org/ 用于在线文档和当前的 HMMER 版本。

通常，初学者不需要命令行选项。 默认值是
在大多数情况下设置为最佳性能。 单个小写的选项
字母（例如 -a ) 是“常见”选项，预计会经常使用，并将
在许多应用中都很重要。 单个大写字母的选项（例如 -B )
通常是不太常见的选项，但在某些应用程序中也可能很重要。 选项
完整的单词（例如 --详细 ) 要么很少使用，要么是实验性的，要么是专家级的
选项。 一些实验选项仅用于我自己正在进行的实验
HMMER，并且可能没有得到充分的支持或记录。

顺序 文件 FORMATS

一般情况下， 悍马 尝试读取最常见的生物序列文件格式。 它
自动检测文件的格式。 它还自动检测序列是否为蛋白质
或核酸。 除了通常的代码之外，还允许使用标准的 IUPAC 简并代码
4 个字母或 20 个字母的代码。

未对齐 序列
未对齐的序列文件可能位于 FASTA、Swissprot、EMBL、GenBank、PIR、
Intelligenetics、Strider 或 GCG 格式。 这些格式记录在
用户指导。

序列 比对
多序列比对可以采用 CLUSTALW、SELEX 或 GCG MSF 格式。 这些
格式记录在用户指南中。

环境 变数

为了便于使用大型稳定序列和 HMM 数据库， 悍马 寻找序列文件
当前工作目录以及指定的系统目录中的 HMM 文件
通过环境变量。

爆炸数据库
指定序列数据库的目录位置。 例子： /seqlibs/爆炸-
D b/。 在使用 BLAST 软件的安装中，这个环境变量很可能是
已经设置。

海默数据库
指定 HMM 数据库的目录位置。 例子： /seqlibs/pfam/。

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