这是命令 indigo-depict，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
indigo-depict - 分子和反应渲染实用程序
概要
靛蓝色 infile.{mol,rxn,cml,smi} 输出文件。{png,svg,pdf} [参数]
靛蓝色 infile.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} outfile_%s.{png,svg,pdf} [参数]
靛蓝色 文件.smi 输出文件。{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [参数]
靛蓝色 - SMILES 输出文件。{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [参数]
靛蓝色 -救命
商品描述
靛蓝色 用于描绘分子。
配置
靛蓝色 可以从标准输入读取输入文件或 SMILES 代码。 这些可以
后跟一个或多个以下参数。
-w
图片宽度（以像素为单位）
-h
图片高度（以像素为单位）
-键
以像素为单位的平均键长
-边距
水平和垂直边距，以像素为单位。 默认没有边距
-厚度
设置相对厚度系数。 默认是 1.0
-行宽
设置粘合线宽度因子。 默认是 1.0
-标签
设置原子标签显示模式。 默认是 终端异类
-水
显示隐含的氢。 默认是 on
-[de]芳香
强制[脱]芳构化
-立体声
立体声组显示模式。 默认是 旧
-cdbwsa
具有相邻立体键的中心双键（默认禁用）
-询问 将输入视为查询分子或反应（默认禁用）
-聪明
将输入视为 SMARTS 查询分子或反应（默认禁用）
-伊德菲尔德
SDF/RDF 字段将被放置在保存文件名称中的 '%s' 的位置（默认为
分子/反应数）
-催化剂
反应催化剂放置在箭头上。 默认是 上面和下面
-评论
放置在分子或反应上方的文本注释。 无默认值
- 评论偏移
注释和结构之间的垂直空间（以像素为单位）
-评论区
使用指定的 SDF/RDF 字段作为注释
-评论名
使用分子/反应名称作为注释
-评论大小
相对于粘合厚度的文本注释字体大小因子。 默认是 6
-评论
文本注释位置（默认底部）
-评论对齐 <0..1>
文本注释对齐方式，一个浮点值： 0 = 左， 0.5 = 中心， 1 = 对
-染色
启用/禁用着色。 默认是 on
-厚厚的
启用粗线和粗体字符突出显示
-颜色
启用颜色突出显示。 组件值必须在 [0 255 ......]
-背景色
设置背景颜色。 组件值必须在 [0 255 ......]
-底色
设置默认前景色。 组件值必须在 [0 255 ......]
-aamcolor
设置 AAM 索引的颜色。 组件值必须在 [0 255 ......]
-dsgcolor
设置数据 SGroup 的颜色。 组件值必须在 [0 255 ......]
-评论颜色
设置评论的颜色。 组件值必须在 [0 255 ......]
-原子数
显示原子数（仅用于调试目的）
-债券号码
显示债券编号（仅用于调试目的）
-onebased
从 XNUMX 开始原子和键索引。 默认从零开始
-救命 打印此帮助信息
示例
靛蓝色 文件文件 输出文件.png -染色 折扣 -芳香族
靛蓝色 数据库.sdf 分子_%s.png -伊德菲尔德 德布雷尼奥 -厚度 1.1
靛蓝色 数据库.smi 数据库.sdf
靛蓝色 - CC.[O-][*-]([O-])=O 查询.png -询问
靛蓝色 - OCO>>CC(C)N 反应.rxn
使用 onworks.net 服务在线使用 indigo-depict
