king-probe - 云端在线

程序：

您的姓名

king-probe - 评估和可视化蛋白质原子间堆积

商品描述

语法：probe input.pdb >> out.kin

或：probe [flags] "src pattern" ["target pattern"] pdbfiles... >> out.kin

标志：
-自己 自交：src -> src（默认）

-两个都 双向相交：src <=> targ

-一次 单交点：src -> targ

-出去 src 的外部范德华面（溶剂接触面）

-AUTObondrot 文件名
读取和处理 autobondrot 文件

快捷方式：

< > 等同于： -4H -mc -这 -自 “altA ogt33”

-默认值
同：< >，但允许其他一些标志

-SC表面 与...一样： -下降 -rad1.4 退房手续 “不是水”

-裸露
与...一样： -下降 -rad1.4 退房手续 （注：用户提供图案）

-A表面
与...一样： -下降 -rad0.0 -添加1.4 退房手续 “不是水”

-使用权
与...一样： -下降 -rad0.0 -添加1.4 退房手续 （注：用户提供图案）

-扫描0 与...一样： -4H -mc -自 “阿尔塔 blt40 ogt33”

-扫描1 与...一样： -4H -一次 “sc alta blt40 ogt33”“alta blt40 ogt65，（不是水 ogt33）”

-DUMPTominfo
计算选择中的原子数：src

（注意 BOTH 和 ONCE 需要两种模式，而

OUT、SELF 和 DUMPATOMINFO 只需要一种模式）

-隐式
隐性氢

-明确
显式氢（默认）

-密度#
设置点密度（默认 16 点/平方 A）

-半径＃。＃
设置探头半径（默认 0.25 A）

-ADDvdw＃。＃
添加到范德华半径的偏移量（默认 0.0）

-SCALEvdw#.#范德华半径的比例因子（默认1.0）

-COSScale＃。＃
scale C=O 碳范德华半径（默认 0.94）

-长钉 绘制尖峰而不是点（默认）

-长钉＃。＃
设置尖峰比例（默认= 0.5）

-NO尖峰
只画点

-HB常规#.# 常规 Hbonds 的最大重叠（默认 = 0.6）

-HB充电#.# 带电 Hbonds 的最大重叠（默认 = 0.8）

-保持 保留未选择的原子（默认）

-降低 丢弃未选择的原子

-限制 接吻时将凹凸点限制为最大距离（默认）

-没有限制
不限制凹凸点

-镜片 将镜头关键字添加到kin文件

-NOLEN
不要在kin文件中添加lens关键字（默认）

-MC 包括主链->主链交互

-HET 包括非水 HET 组的点（默认）

-NOHET
将点排除到非水 HET 组

-WATER
包括点到水（默认）

-现在的人
将点排除在水中

-WAT2瓦特
显示水之间的点

-转储2O
包括水H？ 输出中的向量列表

-4H 将 H 的键链点去除扩展到 4（默认）

-3 将键链点移除限制为 3

-2 将键链点移除限制为 2

-1 将键链点移除限制为 1

-忽略 “模式”显式删除：忽略模式选择的原子

-DOCHO
认识 CH..O 债券

-CHO＃。＃
CH..O Hbond 分数的比例因子（默认值 = 0.5）

-PolarH
使用短半径的极性氢（默认）

-NOPolarH
不要缩短极性氢的半径

-NOFACEhbond 不要将 HBonds 识别为芳香面孔

-名称 “name”指定组名（默认为“点”）

-点大师
在列表中用作额外 master={name} 的组名

-NO组
不要在 .kin 格式输出中生成@group 语句

-KINImage
将@kinemage 1 语句添加到 .kin 格式输出的顶部

-计数点
产生点数 - 不是点列表

-未格式化
输出原始点信息

名称:pat:type:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:分数:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:

-O格式
输出点信息格式化以在 O 中显示

-XV格式
输出点信息格式化以在 XtalView 中显示

-一条线
输出一行 :contacts:by:severity:type:

-间隙颜色
按间隙量着色点（默认）

-原子颜色
按原子类型着色点

-底色
按核酸碱基类型着色点

-颜色库
按间隙和核酸碱基类型的颜色点

-OUTCOLOR “名称”指定点颜色 -出去 （默认“灰色”）

-GAP重量#
设置得分差距的权重（默认 0.25）

-凹凸重量# 设置碰撞得分的相对比例（默认 10.0）

-HB重量#
设置评分 Hbonds 的相对比例（默认 4.0）

-DIV低＃。＃
凹凸类别的划分（默认 -0.4）

-DIV高＃。＃
联系人类别的划分（默认 0.25）

-MINO占用率＃。＃
低于此值的占用率与零相同（默认为 0.02）

-元素
为kin输出中的不同元素添加主按钮

-NOHBOUT
不输出 HBonds 的触点

-无冲突
不输出冲突的联系人

-NOVDWOUT
不输出范德瓦尔斯相互作用的触点

-只有坏了
onlybadout 输出坏冲突（严重重叠接触）

-概括
输出接触和冲突的摘要列表

-一条线
在线输出摘要列表

-注意事项
在处理过程中不显示残留物名称标记

-标准债券
仅假设标准残基中的标准键合模式

-没有父母
不要根据母重原子表键合氢

-SEGID 使用 PDB SegID 字段来区分残基

-奥尔杜 生成旧样式 -u 输出：kissEdge2BullsEye 等

-详细
详细模式（默认）

-参考
显示参考字符串

-变化
显示程序更改列表

-安静 静音模式

-帮助 显示扩展的帮助通知（包括其他标志）

-版本
单行版本到标准输出

模式元素：（应在命令行中用引号引起来）

文件#中的文件#

模型#中的模型#

柴娜
在链 a 内

SEGaaa
段标识符 aaaa（其中 _ 代表空白）

ALTa 替代构象 a

原子弹
原子名称 aaaa（其中 _ 表示空白）（使用所有 4 个字符，因此 H 将是
原子_H__)

RESaaa 残基 aaa

#残留物#

#a 残基#，插入一个

#-# 残留范围#（忽略插入代码）

由一个字母代码组成的残基类型（例如 y）

aaa 由三个字母代码组成的残基类型（例如 tyr）

全部，蛋白质，MC，SC，碱，ALPHA，BETA，氮，碳，
氧、硫、磷、氢、金属、极性、
非极性、带电、供体、受体、芳香族、甲基、HET、水、DNA、RNA

全部或部分原子

OLT# 占用率小于 #（整数百分比）

OGT# 占用率大于 #（整数百分比）

BLT# B 值小于 #（整数）

BGT# B 值大于#（整数）

INSa 插入代码a（其中_代表空白）

在 #.# OF #.#、#.#、#.# 内
距点一定距离内的原子

模式可以组合成逗号分隔的列表，例如“trp,phe,tyr”的意思
TRP 或 PHE 或 TYR。

由空格分隔的模式必须全部为真如“chainb 1-5”的意思
链 B 中的残基 1 至 5。

您还可以使用括号对模式进行分组，使用 | 分隔多个模式。
意思是“或”，并选择带有 NOT 的补码，如“not file1”意思是 not in
文件 1.

autobondrot 文件类似于其他 PDB 输入文件，但它包含信息
识别受旋转和其他变换影响的原子。

示例 autobondrot 文件片段显示 Calpha-Cbeta 键旋转和周期性
此旋转的扭转惩罚函数

原子 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

债券：chi1：78.7：
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

余弦：-3：60：3：原子 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
原子 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 原子 1 CG
蒂尔 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

Autobondrot 命令使用冒号来分隔值转换：
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # 虚拟

偏置函数：
COS:比例:相位偏移:频率 POLY:比例:偏移:多项式度 CONST:值

分枝：
SAVE 和 RESTORE 或 "(" 和 ")"

（例如，旋转每个 Chi 和异亮氨酸的甲基

顺序为：rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

设置方向：GO:angle1:angle2:... 包含文件：@filename 注释：
# 评论文本

探针：版本 2.13.110909，版权所有 1996-2011，J. Michael Word

使用 onworks.net 服务在线使用 king-probe