这是 Kisnp2 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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kisnp2 -kissnp2 1.2.6 的手册页
商品描述
名称kisnp，版本DiscoSnp -kisnp 子模块1.2.6 - 版权所有INRIA - CeCILL 许可证
概要kissnp2/kissnp2 [ [ -o 姓名
[-t] [-e 长度] [-l] [-b] [-k 值] [-c 值] [-g 值] [-h]
要么：
Kissnp2/kissnp2 input_names_file.txt -o 名称 [-t] [-e 长度] [-l] [-b] [-k 值] [-c
值] [-g 值] [-h]
“input_names_file.txt”是一个文件，每行包含读取的名称
档
商品描述
“kissnp2”，从读取集中检测 SNP。 通常应紧随其后
“kissreads”用于从读取中恢复覆盖率和质量信息。
强制性
至少一组阅读。 -o file_name_prefix：在哪里写输出和 debruijn
图结构文件。
配置
-t 扩展发现并在第一个多态性（严格扩展=unitigs）SNP 处停止。
不兼容 -T
-T 扩展发现并停止在大多态性（扩展=重叠群）SNP。 不兼容
-t
-e 长度：扩展发现的 SNP（选项 -t) 并且只保存那些 min(left 和 right
扩展名）大于或等于“长度”
-l 保留低复杂度的 SNP。 默认值：false（过滤掉低复杂度的结果）
-b INT：
0：禁止两条路径中任何一条分支的SNP（高精度，低召回率）。
默认值
1：禁止 SNP，因为两条路径是分支的（例如，两条路径可以是
在相同位置使用“A”或“C”创建 2：无限制
分支（低精度，高召回）
-k size_seed：将使用长度为 size_seed 的种子。 默认值：27。
-c min_coverage：一个序列至少被 min_coverage 相干读取覆盖。 默认值：2
-C max_coverage：一个序列最多被 max_coverage 连贯读取覆盖。 默认：
无穷大（= 2147483647 在您的计算机上 :) ）
-g 估计基因组大小：估计其读数来自的基因组大小。
以bp为单位，不需要精确，只控制内存使用。 默认值：3
十亿
-h 打印此消息并退出
DiscoSnp -kissnp 子模块 1.2.6 - 版权所有 INRIA - CeCILL 许可证命令行是：
亲吻2/亲吻2 -h
使用 onworks.net 服务在线使用kisnp2
