这是 kmc_tools-filter 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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kmc_tools-filter - 过滤掉 k-mers 数量太少的读数
概要
kmc_工具 过滤 [kmc_input_db_params]
[input_read_set_params] [output_read_set_params]
商品描述
此命令过滤掉 k-mer 数量太少的读数。
配置
对于 k-mers 数据库,还有其他参数:
-ci
排除 k-mers 发生少于次
-cx
排除 k-mers 出现的次数超过次
对于读取的输入集,还有其他参数:
-ci
删除包含比值少的 k-mer 的读取。 它可以是整数或浮点数
在 [0.0;1.0] 范围内
-ci
删除包含比值更多的 k 聚体的读取。 它可以是整数或浮点数
在 [0.0;1.0] 范围内
-F
以 FASTA 格式 (-fa)、FASTQ 格式 (-fq) 输入; 默认值:FASTQ
对于读取输出集,还有其他参数:
-F
以 FASTA 格式 (-fa)、FASTQ 格式 (-fq) 输出; 默认值:与输入相同
例
kmc_tools 过滤器 kmc_db -ci3 input.fastq -ci0.5 -cx1.0 filters.fastq
kmc_tools 过滤器 kmc_db input.fastq -ci10 -cx100 过滤的.fastq
使用 onworks.net 服务在线使用 kmc_tools-filter