这是 kmc_tools 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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kmc_tools - 对 k-mer 数据库的附加操作
概要
kmc_工具 【全局参数】 【运行参数】
商品描述
此命令及其各种子注释在 KMC 上实现了许多操作
数据库。
k聚体 套 操作 HPMC胶囊 2 KMC 数据库
相交
2 k-mers 集的交集
kmers_subtract
2 k-mers 集的减法
计数器减法
计数器减法 2 k-mer 集
工会
2 k-mers 集的并集
操作 HPMC胶囊 单 KMC 数据库
分类
从 KMC2.x 生成的数据库中对 k-mers 进行排序
降低
排除太稀有和太频繁的 k-mer
紧凑
删除计数器(仅存储 k-mers)
直方图
k-mers出现的直方图
倾倒
将 k-mers 和计数器转储到文本文件
更多 复杂 操作:
复杂
具有多个输入数据库的复杂操作
other 操作:
过滤
过滤掉 k-mer 数量太少的读数
配置
全球化 参数:
-t
线程总数(默认:CPU 核心数)
-v
启用详细模式(显示一些信息)(默认值:false)
-生命值
隐藏百分比进度(默认值:false)
例
kmc_tools 联合 db1 -ci3 db2 -ci5 -cx300 db1_union_db2 -ci10
使用 onworks.net 服务在线使用 kmc_tools