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load_genbank.pl - 从 GENBANK 文件加载 Bio::DB::GFF 数据库。

概要

% load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
% load_genbank.pl -d genbank -a AP003256

注意：BioPerl 发行版中的脚本 bp_genbank2gff.pl 与此脚本相同。

商品描述

此脚本加载一个 Bio::DB::GFF 数据库，其中包含包含在本地
genbank 文件或从 genbank 获取的加入。 各种命令行选项
允许您控制加载哪个数据库以及是否允许现有数据库加载
被覆盖。

这个脚本目前只使用 MySQL，虽然它是一个原理证明并且可以很容易地
扩展为与 GFF 通过适配器支持的其他 RDMS 一起使用。

命令行 配置

命令行选项可以缩写为单字母选项。 例如 -d 而不是
- 数据库。

--create 强制创建和初始化数据库
--dsn 数据源（默认 dbi:mysql:test）
- 用户用于 mysql 身份验证的用户名
- 经过mysql 认证密码
- 代理用于远程访问的代理服务器
--file 后面的参数是 Genbank/EMBL 文件名（默认）
--accession 后面的参数是基因库登录号
--stdout 将转换后的 GFF 文件写入 stdout 而不是加载

使用 onworks.net 服务在线使用 load_genbankp