这是命令 makehmmerdb 可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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makehmmerdb - 从序列文件构建 HMMER 二进制数据库文件
概要
制作者数据库 [选项]
商品描述
制作者数据库 用于从 DNA 序列文件创建二进制文件。 这个二进制文件可能
用作 DNA 搜索工具的目标数据库 恩默.运用默认设置in 恩默,
这产生了大约 10 倍的加速，而基准测试的灵敏度损失很小。
（此方法已经过广泛测试，但仍应视为有点
实验性的。）
配置
-h 帮助; 打印命令行用法和所有可用选项的简短提醒。
其他 配置
--信息
断言序列数据库文件是格式 . 接受的格式包括
法斯塔, 标志, 基因库, 数据表, 单机, 斯德哥尔摩, 普法姆, a2m和 AFA。 默认是
自动检测文件的格式。
--bin_length
仓长。 二进制文件依赖于一种称为 FM 索引的数据结构，它
在长度的 bin 中组织序列的置换副本 . 更长的料仓长度
将导致文件更小（因为每个 bin 的数据都被捕获）并且可能
查询时间较慢。 默认值为 256。超过 512 可能会导致显着
速度降低。
--sa_freq
后缀数组采样率。 FM 指数结构也从底层证券中取样
序列数据库的后缀数组。 更频繁的采样（较小的值
) 将产生更大的文件大小和更快的搜索（直到文件大小变大
足以导致 I/O 成为瓶颈）。 默认值为 8。必须是 的幂
2.
--块大小
输入序列被分成大小的块 万个字母。 调频指数
为每个块构建，而不是为整个序列构建 FM 索引
数据库。 默认值为 50。较大的块似乎不会产生显着的速度
增加。
使用 onworks.net 服务在线使用 makehmmerdb
