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mauveAligner - 高效构建多个基因组比对

概要

mauveAligner [选项] ...
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商品描述

mauveAligner 和ProgressiveMauve 对齐算法已实现为
可下载的 Mauve 软件中包含的命令行程序。 当从运行
命令行，这些程序提供了图形界面中尚不可用的选项。

配置

--输出=输出文件名。
默认打印到屏幕

--妈妈们 仅查找 MUM，不要尝试确定局部共线块 (LCB)

--无递归 不要执行递归锚点识别（暗示
--无间隙对齐)

--no-lcb-扩展名 如果确定 LCB，请不要尝试扩展 LCB

--种子大小=初始种子匹配大小，默认为 log_2（平均序列长度）

--最大扩展迭代=将 LCB 扩展限制为此尝试次数，
默认值为 4

--消除夹杂物 消除子集匹配中的链接包含。

--重量=每个序列碱基对的最小 LCB 权重

--匹配输入=使用指定的匹配文件而不是搜索匹配

--lcb-匹配输入 表示匹配输入文件包含已被匹配
聚集成 LCB

--lcb-输入=使用指定的 lcb 文件而不是构建 LCB（跳过 LCB
代）

--暂存路径=对于大型基因组，请使用目录来存储临时数据。
应该使用不同的路径两次或更多次。

--id-矩阵=生成 LCB 统计信息并将它们写入指定文件

--岛屿大小=查找大于给定数字的岛屿

--岛屿输出=输出孤岛给定的文件（需要 --岛大小)

--骨干尺寸=找到比给定的 bp 数更长的主干链

--最大骨干间隙=允许主干被高达这个长度的间隙打断
基点

--backbone-输出=输出孤岛给定的文件（需要 --岛大小)

--覆盖输出=将覆盖列表输出到指定文件（- 用于标准输出）

--重复 生成重复地图。 只能指定一个序列

--输出指南树=将引导树写入指定文件

--共线 假设输入序列是共线的——它们没有重排

缺口 对准 控制项：
--无间隙对齐 不要执行间隙对齐

--最大间隙对齐器长度=尝试对齐的最大碱基对数
有间隙的矫正器

--最小递归间隙长度=Mauve 将执行递归的最小间隙大小
MUM 锚定（默认为 200）

签名 排列 矩阵 opţiuni:
--排列矩阵输出=将 LCB 作为有符号置换矩阵写出到
给定的文件

--排列矩阵最小权重=一个置换矩阵将被写入每个
权重在此值和值之间的 LCB 集 - 重量

对准 产量 opţiuni:
--对齐输出目录=将一组对齐文件（每个 LCB 一个）输出到
给定目录

--对齐输出格式=选择输出格式 --对齐输出目录

--输出对齐=写出 XMFA 格式对齐到指定文件

支持的对齐输出格式有：phylip、clustal、msf、nexus、mega、codon

使用 onworks.net 服务在线使用 mauveAligner