这是 mirabait 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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mirabait - 从读取集合中选择读取
概要
米拉贝特 [-f [-t [-t ...][-iklor] 诱饵文件
商品描述
米拉贝特 从读取集合中选择部分相似或等于的读取
序列定义为目标诱饵。 相似性是通过找到一个用户可调整的
诱饵中相同的常见k-mers(k个连续碱基的序列)的数量
序列和要选择的筛选序列,正向或反向
补方向。
配置
-f
加载这种类型的项目文件,其中 fromtype 是:
来自 CAF 的 caf 序列
来自 MAF 的 maf 序列
来自 PHD 的 phd 序列
来自 GBF 的 gbf 序列
来自 FASTA 的 fasta 序列
来自 FASTQ 的 fastq 序列
-t
将序列写入这种类型(多次提及 -t 被允许):
fasta 序列到 FASTA
fastq 序列到 FASTQ
caf 序列到 CAF
maf 序列到 MAF
txt 序列名称到文本文件
-k k-mer,以碱基为单位的诱饵长度(<32,默认值=31)
-n 最小需要的 k-mer 诱饵数量(默认值 = 1)
-i 反向命中:只写入不命中诱饵的序列
-r 不检查反补方向
-o fastq 质量偏移(仅适用于 -f = 'fastq') FASTQ 中质量值的偏移
文件。 默认值:33 值为 0 会尝试自动识别。
-f
加载这种类型的项目文件,其中 fromtype 是:
来自 CAF 的 caf 序列
来自 MAF 的 maf 序列
来自 PHD 的 phd 序列
来自 GBF 的 gbf 序列
来自 FASTA 的 fasta 序列
来自 FASTQ 的 fastq 序列
-t
将序列写入这种类型(多次提及 -t 被允许):
fasta 序列到 FASTA
fastq 序列到 FASTQ
caf 序列到 CAF
maf 序列到 MAF
txt 序列名称到文本文件
-k k-mer,以碱基为单位的诱饵长度(<32,默认值=31)
-n 最小需要的 k-mer 诱饵数量(默认值 = 1)
-i 反向命中:只写入不命中诱饵的序列
-r 不检查反补方向
-o fastq 质量偏移(仅适用于 -f = 'fastq') FASTQ 中质量值的偏移
文件。 默认值:33 值为 0 会尝试自动识别。
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