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nipy_tsdiffana - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 nipy_tsdiffana

这是 nipy_tsdiffana 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

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nipy_tsdiffana - 分析、绘制时间序列差异指标

商品描述


用法:nipy_tsdiffana [-h] [--out-file OUT_FILE] [--write-results]

[--输出路径 OUT_PATH]
[--out-fname-label OUT_FNAME_LABEL] [--时间轴 TIME_AXIS] [--切片轴
SLICE_AXIS] 文件名

分析、绘制时间序列差异度量

阵地 参数:
文件名
4D 图像文件名

可选 参数:
-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出

--输出文件 输出文件
要写入的图形文件而不是将图像留在屏幕上

--写结果
如果指定,写入诊断图像和分析变量,绘制到 OUT_PATH。
与 OUT_FILE 互不兼容

--输出路径 输出路径
输出图像文件的路径(默认来自 FILENAME 路径

--out-fname-标签 OUT_FNAME_LABEL
输出图像/绘图文件名的中间部分

--时间轴 时间轴
时间的图像轴

--切片轴 切片轴
切片的图像轴

nipy_tsdiffana 在 4D 图像体积上运行时间序列差分算法,通常并且
FMRI 体积。

它以三种模式之一工作:

* 交互式:时间序列差异图出现在屏幕上。 这是

默认模式

* 非交互式,仅绘图:将时间序列差异图写入图形

文件。 使用“--out-file= " 激活此模式的选项

* 非交互式,写入绘图、图像和变量:将绘图写入文件,以及

还将生成的诊断图像和变量写入文件。 使用
“--write-results”标志来激活这个选项。 生成的文件名来自
“--out-path”和“--out-fname-label”选项的结果(参见帮助)。

写入结果选项,生成的文件 -------------------------------------

在做时间点分析的时候,我们会在每个时间点做一个差值
点和系列中的下一个时间点。 如果我们有 T 卷,那么将会有
(T-1) 差量。 调用差分体积向量 DV 和第一个
差异音量 DV[0]。 所以 DV[0] 是从 4D 中减去第二个体积得出的
输入图像来自 4D 输入图像中的第一卷。 逐元素平方值
来自 DV[0] 是 *DV2[0]*。

将生成以下图像。 是输入文件扩展名(例如
'.nii'):

* "dv2_max_ " : 3D 图像体积,其中每个切片 S 来自

所有 DV2[0](切片 S)到 DV2[T-1](切片 S)的最大总和
平方值。 该卷给出了最差(最大差异)切片的概念
在整个时间序列中。

* "dv2_mean_ " : 所有 DV2 卷的平均值 DV2[0] .. DV[T-1]

跨越体积(时间)维度。
该体积中较高的体素值意味着

在这个体素中,时间点到时间点的差异往往很大。

我们还写了每个时间点的平均信号,以及之间的均方差
每个时间片,作为名为“ tsdiff_.npz”的“npz”文件的变量

输出文件名的格式为/
在哪里是指定的路径 --输出路径 选项,或输入的路径
文档名称; 是上面的标准前缀之一,由下式给出
--标签外,或通过输入图像的文件名(删除路径和扩展名),以及
是图形的“.png”,或卷的输入文件名的扩展名
图片。 例如,仅指定输入文件名``/some/path/fname.img`` 将
生成格式为``/some/path/tsdiff_fname.png 的文件名,
/一些/路径/dv2_max_fname.img`` 等

使用 onworks.net 服务在线使用 nipy_tsdiffana


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