这是 ntdpal 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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ntdpal - 提供 Primer3 的对齐功能
概要
恩德帕尔 [-G 值] [-l 左值] [-米 价值] [-f1, f2, f3] [-p] [-s] [-e] {序列1} {序列2} {模式}
商品描述
Ntdpal（NucleoTide Dynamic Programming ALignment）是一个独立的程序，提供
Primer3 的对齐功能（本地，又名 Smith-Waterman，全局，又名
Needleman-Wunsch，加上“半全球”）。
配置
-g 值
值 是一个（正）浮点数（01 精度），指定创建间隙的惩罚
分别（从输出分数中减去惩罚）
-l VAL
左值 是一个（正）浮点数（01 精度），指定延长间隙的惩罚
分别（从输出分数中减去惩罚）
-a
导致评分矩阵被 dpal_set_ambiguity_codes 修改。
-e
导致打印两个序列中对齐的结束位置。 不要
与“e”混淆 模式.
-f1, -f2, -f3
强制特定的实现。 -f2 强制使用可能提供的实现
更多信息性错误消息，可能会以一定的速度为代价。
-h
使用不同的评分矩阵：G 和 C 匹配 = 3，A 和 T = 2，不匹配 =
-0.5。 （默认评分矩阵为匹配分配 1，为不匹配分配 -1。）
-p
使对齐显示在 stderr 上。
-s
原因 仅由 要打印的分数。
-m 价值
是最大允许间隙（默认为 3）。
序列1 和 序列2
是要对齐的序列。
模式
是其中一个 g, G, l 或 L 指定全局、全局端锚定、局部或局部
端锚定比对。 为了向后兼容 e 相当于 G.
参考
请在 WWW 上引用 Rozen, S., Skaletsky, H. “Primer3 为一般用户
生物学家程序员。”在 S. Krawetz 和 S. Misener, eds. Bioinformatics Methods and
分子生物学方法系列中的协议。 Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
365-386页。
使用 onworks.net 服务在线使用 ntdpal
